コロナウイルスゲノム解析・インフルエンザウイルス型判定・Whole Metagenome解析サービス
2022年11月１日より当社が開発したCoVGAS/ FluGAS/WHMtetagenome@Kinを利用した
定形レポートの解析サービスを開始いたします。
高速シーケンサデータからのインフルエンザウイルスゲノム配列の決定とHA遺伝子・NA遺伝子の亜型判定を行います
対応シーケンサー：イルミナ社 MiSeq・オックスフォードナノポア社MinION
ご提供いただくファイル形式：fastq, fast5
高速シーケンサデータから新型コロナウイルスのゲノム配列決定と系統(Pangolin Lineage)の判定を行います
対応シーケンサー：イルミナ社 MiSeq・オックスフォードナノポア社MinION
ご提供いただくファイル形式：fastq, fast5
高速シーケンサを使用したShot Gunシーケンスデータからサンプルの菌叢分析と可視化、PCoA/nMDS解析を行います。
ご提供いただくファイル形式：Pair-end fastq
高速シーケンサを使用した16S rRNAメタゲノムシーケンスデータから菌叢解析を行います。
＊ 統計解析や群間比較解析などがあり、定形解析にはならないため事前の相談が必要です。お問い合わせください。
ご提供いただくファイル形式：fastq, fast5(オックスフォードナノポア社MinION)
受託解析サービスの流れ
メールもしくはお申し込みフォームよりお申し込みください
データのやり取りの方法のお打ち合わせとお見積りの提出
データの受領
解析の実施
当社で判断して最適と思われるパラメータで解析を実施します。解析時間も目安は最初のお打ち合わせ時にお知らせします。
結果の返送
それぞれの定形フォーマットでのレポートと解析データを指定の方法でお返しします。
サポート
解析条件やデータの再利用方法などメールもしくはWebミーティングでご相談ください。
お返しするデータ
インフルエンザウイルスゲノム解析・型判定結果
解析結果一式を解析結果フォルダにいれてお返しします。
解析レポートの見方
Result Summaryにレポートをまとめています。
Summary.xlsx
ダウンロード
納品サンプルデータ
ダウンロード（480MB）
① sub type
検体中のインフルエンザウイルスの亜型をHA遺伝子-NA遺伝子の順で記載しています。
2種類以上の異なったウイルスゲノム配列が作成された場合、平均カバー率の高い順に（）内に並べて表記します。
例：H3N2 HA(3-3-#) NA(2-#-#)＝H3N2亜型のA型インフルエンザウイルスが検出されています。HA遺伝子には2つの異なったゲノム配列が作成されており、どちらもHA3であることを示しています。
② Cover AverageとCover Ratio
Cover Average=平均カバレッジは、マッピングされた参照配列の端から端までの１塩基ごとのカバレッジを合計し、参照配列の塩基長で割った数値です。
Cover Ratio=マッピング時に参照配列においてリードがマッピングされた領域の割合(1=参照配列全体にリードがマップされている)です。
③ 配列
解析結果のコンセンサス配列を示しています。
同梱の全データファイルについて
こちらより、お返しするデータが保存された各ディレクトリとファイルの説明がご覧いただけます。
データはさらなる解析にご利用可能です。
コロナウイルスゲノム解析結果
解析結果一式を解析結果フォルダにいれてお返しします。
解析レポートの見方
Result Summaryにレポートをまとめています。
Result_Summary.xlsx
ダウンロード
納品サンプルデータ
ダウンロード（140MB）
Date
処理日
Nextstrain Clade
Nextstrainサイトで定義されているClade情報。
https://nextstrain.org/blog/2021-01-06-updated-SARS-CoV-2-clade-naming
また情報は以下のURLで更新されています。
https://raw.githubusercontent.com/nextstrain/ncov/master/defaults/clades.tsv
Pangolin Lineage
pangolinサイトで定義されているLineage情報。
https://pangolin.cog-uk.io/
また情報は以下のURLで更新されています。
GitHub - cov-lineages/pangolin: Software package for assigning SARS-CoV-2 genome sequences to global lineages.
Scorpio
cov-lineages.orgより提供されるScorpioコマンドが判定した、検体が属する”懸念される変異株”名
Depth(mean)
最終コンセンサス配列作成の元となったマッピング結果のカバレッジの平均値
Depth(median)
最終コンセンサス配列作成の元となったマッピング結果のカバレッジの中央値
このmeanとmedianが大きく違って（乖離）いますとマッピングの厚みが特定のゲノム配列の領域に集まっていてパラメータの品質が良くないということを意味します。この２つの値が近似した値を持っているかが一つのQC項目です。
Cover Ratio
最終コンセンサス配列作成時のマッピング結果のリファレンスカバー率を示しています
1に近いほどゲノム全体にマッピングされ、0.9 以下なら読まれていない領域があります。
MixAllele
検体中のCOVID19ウイルスゲノムで検出された変異に占める混合塩基の割合を表します。
例：検体中の変異塩基が73個検出され、うち1塩基が混合塩基（2つ以上の塩基パターンが同一ゲノム位置で検出された）であった場合、
MixAlleleは0.014と表記されます。
変異に占める混合塩基の割合が多い場合、シーケンスの質が低いことが示唆されます。
Consensus Length
コンセンサス配列長（＝作成された検体中のCOVID19ゲノム配列長）
同梱の全データファイルについて
こちらより、お返しするデータが保存された各ディレクトリとファイルの説明がご覧いただけます。
データはさらなる解析にご利用可能です。
Whole メタゲノム解析結果
解析結果一式を解析結果フォルダにいれてお返しします。
FluGASやCoVGASと異なり、htmlファイルをお返ししています。
納品サンプルデータ
ダウンロード（1.2MB）
解凍後に、それぞれのhtmlファイルを標準のブラウザで開いてください。
解析結果の見方
・解析実行後にAnalysisボタンを押下した際に指定したフォルダが表示されます。
解析結果の内容は以下のhtmlへ集約されています。
・ metagenome.rcf.html
Centrifuge実行結果をグラフ表示するreCentrifugeの結果htmlです。正常に解析が終了した場合は自動的にデフォルトブラウザにて表示されます。
・ nmds_plot.html／pcoa_plot.html
3グループ以上を解析し analysis settingウインドウで指定した距離メソッドを使用した結果をhtmlにてまとめています。data、nMDS、PCoAフォルダの内容が反映されています。
・ 【日付-時間】.log
解析中のコマンド結果など、ログエリアに表示された内容が集約されています。
Centrifuge実行結果をグラフ表示するreCentrifugeの結果html
【metagenome.rcf.html】
分類学的分類の信頼レベル (スコア) に重点を置いて、インタラクティブな円グラフを使用し多くの分類学的分類器からの結果を分析できます。
Recentric のスコア付き分類ツリーの計算は、NCBI 分類法の 48 の分類ランクから株や分離株などのいくつかの種以下のレベルが含まれます。分類学的レベルごとに異なるスコア付きプロットのセットが生成されます。
3グループ以上で距離メソッドを使用した結果(PCoA)
【pcoa_plot.html】
指定された距離計算メソッドより主座標分析（Principal Coordinate Analysis）を行った結果を画像にします。距離計算結果はtab区切り形式ファイルとして取得可能です。
3グループ以上で距離メソッドを使用した結果(nMDS)
【nmds_plot.html】
指定された距離計算メソッドより非計量多次元尺度法（non-metric multidimensional scaling）を行った結果を画像にします。距離計算結果はtab区切り形式ファイルとして取得可能です。
距離の定義
お互いに類似した点同士は近く、類似していない点同士は遠くなるように、群集データを2次元平面上にて座標付けをし、類似度を比較する検定です。
群集構造が近いものは近く、遠いものは遠いように2次元の座標にプロットされます。
解析価格
解析サービス開始キャンペーンを2022/12/29まで実施いたします。
解析内容 | 希望価格（税別） | キャンペーン（税別） | 期間 |
|---|---|---|---|
インフルエンザウイルスデータ解析 | ￥7,000 / サンプル | ￥5,000 / サンプル | 2022年12/29まで |
コロナウイルスデータ解析 | ￥7,000 / サンプル | ￥5,000 / サンプル | 2022年12/29まで |
Wholeメタゲノムデータ解析 | ￥20,000 / サンプル | ￥10,000 / サンプル | 2022年12/29まで |
16S rRNAメタゲノム解析 | 打ち合わせ後お見積もり | ーー |