インフルエンザウイルス型判定・Whole Metagenome解析サービス
高速シーケンサデータからのインフルエンザウイルスゲノム配列の決定とHA遺伝子・NA遺伝子の亜型判定を行います
対応シーケンサー：イルミナ社 MiSeq・オックスフォードナノポア社MinION
ご提供いただくファイル形式：fastq, fast5
高速シーケンサを使用したShot Gunシーケンスデータからサンプルの菌叢分析と可視化、PCoA/nMDS解析を行います。
ご提供いただくファイル形式：Pair-end fastq
高速シーケンサを使用した16S rRNAメタゲノムシーケンスデータから菌叢解析を行います。
＊ 統計解析や群間比較解析などがあり、定形解析にはならないため事前の相談が必要です。お問い合わせください。
ご提供いただくファイル形式：fastq, fast5(オックスフォードナノポア社MinION)
受託解析サービスの流れ
メールもしくはお申し込みフォームよりお申し込みください
データのやり取りの方法のお打ち合わせとお見積りの提出
データの受領
解析の実施
当社で判断して最適と思われるパラメータで解析を実施します。解析時間も目安は最初のお打ち合わせ時にお知らせします。
結果の返送
それぞれの定形フォーマットでのレポートと解析データを指定の方法でお返しします。
サポート
解析条件やデータの再利用方法などメールもしくはWebミーティングでご相談ください。
お返しするデータ
インフルエンザウイルスゲノム解析・型判定結果
解析結果一式を解析結果フォルダにいれてお返しします。
解析レポートの見方
Result Summaryにレポートをまとめています。
Summary.xlsx
ダウンロード
納品サンプルデータ
ダウンロード（480MB）
① sub type
検体中のインフルエンザウイルスの亜型をHA遺伝子-NA遺伝子の順で記載しています。
2種類以上の異なったウイルスゲノム配列が作成された場合、平均カバー率の高い順に（）内に並べて表記します。
例：H3N2 HA(3-3-#) NA(2-#-#)＝H3N2亜型のA型インフルエンザウイルスが検出されています。HA遺伝子には2つの異なったゲノム配列が作成されており、どちらもHA3であることを示しています。
② Cover AverageとCover Ratio
Cover Average=平均カバレッジは、マッピングされた参照配列の端から端までの１塩基ごとのカバレッジを合計し、参照配列の塩基長で割った数値です。
Cover Ratio=マッピング時に参照配列においてリードがマッピングされた領域の割合(1=参照配列全体にリードがマップされている)です。
③ 配列
解析結果のコンセンサス配列を示しています。
同梱の全データファイルについて
こちらより、お返しするデータが保存された各ディレクトリとファイルの説明がご覧いただけます。
データはさらなる解析にご利用可能です。
Whole メタゲノム解析結果
解析結果一式を解析結果フォルダにいれてお返しします。
FluGASやCoVGASと異なり、htmlファイルをお返ししています。
納品サンプルデータ
ダウンロード（1.2MB）
解凍後に、それぞれのhtmlファイルを標準のブラウザで開いてください。
解析結果の見方
・解析実行後にAnalysisボタンを押下した際に指定したフォルダが表示されます。
解析結果の内容は以下のhtmlへ集約されています。
・ metagenome.rcf.html
Centrifuge実行結果をグラフ表示するreCentrifugeの結果htmlです。正常に解析が終了した場合は自動的にデフォルトブラウザにて表示されます。
・ nmds_plot.html／pcoa_plot.html
3グループ以上を解析し analysis settingウインドウで指定した距離メソッドを使用した結果をhtmlにてまとめています。data、nMDS、PCoAフォルダの内容が反映されています。
・ 【日付-時間】.log
解析中のコマンド結果など、ログエリアに表示された内容が集約されています。
Centrifuge実行結果をグラフ表示するreCentrifugeの結果html
【metagenome.rcf.html】
分類学的分類の信頼レベル (スコア) に重点を置いて、インタラクティブな円グラフを使用し多くの分類学的分類器からの結果を分析できます。
Recentric のスコア付き分類ツリーの計算は、NCBI 分類法の 48 の分類ランクから株や分離株などのいくつかの種以下のレベルが含まれます。分類学的レベルごとに異なるスコア付きプロットのセットが生成されます。
3グループ以上で距離メソッドを使用した結果(PCoA)
【pcoa_plot.html】
指定された距離計算メソッドより主座標分析（Principal Coordinate Analysis）を行った結果を画像にします。距離計算結果はtab区切り形式ファイルとして取得可能です。
3グループ以上で距離メソッドを使用した結果(nMDS)
【nmds_plot.html】
指定された距離計算メソッドより非計量多次元尺度法（non-metric multidimensional scaling）を行った結果を画像にします。距離計算結果はtab区切り形式ファイルとして取得可能です。
距離の定義
お互いに類似した点同士は近く、類似していない点同士は遠くなるように、群集データを2次元平面上にて座標付けをし、類似度を比較する検定です。
群集構造が近いものは近く、遠いものは遠いように2次元の座標にプロットされます。
