Metagenome@KIN －メタゲノム解析
複雑な微生物群集を解明するメタゲノム解析ソフトウェア
Metagenome@KINがリニュ ーアル
16s rRNA遺伝子のアンプリコンシーケンスを用いた細菌叢解析は、
メタゲノム解析として幅広い分野で利用されています。
Metagenome@KINは高速シーケンサーから出力された16s rRNAアンプリコンシーケンスデータを解析するメタゲノム解析ソフトウェアです。Windows OS上で動作し、ドラッグアンドドロップ操作のみで細菌叢
解析が実施できます。
さらに、@KIN Web Statと連携することで高度な統計解析とAIが
利用でき、細菌叢の統計解析から「意思決定支援」まで行えます。
主な機能
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入力データはFastqファイル、もしくはFastaファイル。Long Read,Pair-end, Single-endのいずれにも対応。
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16s rRNA(細菌)およびITS 1/2 spacer region(真菌)に由来するamplicon sequence readに対応。
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BLAST結果のミスマッチ塩基数、相同性、E-valueに基づくフィルタリング条件は 解析実行時に設定可能。
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NCBI Taxonomy databaseに基づいた階層分類を実施。
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Taxonomy classificationはBLASTを使用。
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ドーナツグラフ、円グラフ、棒グラフを自動生成。
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グラフや相対存在量(Relative Abundance)は種や属から界にかけて すべての階層で分類集計。
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α/β多様性解析、ALDEx2/LEfSe/PICRUSt2などの高度な統計解析を @KIN Web Stat上で実施可能。
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タブ区切りテキスト形式での菌叢データ出力。
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Taxonomy databaseは毎年更新。
ライセンス
PC固定：年間ライセンス
デモ版ダウンロード
動作環境
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OS:Windows 10・11
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CPU:Core i7以上推奨
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Memory:16G byte以上推奨
解析の流れ
Step1: Ampliconシーケンスデータ入力
ライフテクノロジーズ社、イルミナ社、およびオックスフォードナノポア社からのFastqファイルに対応。
Step2: QC及びトリミング
入力されたシーケンスリードのQCを実施し、リード長、塩基数、Phread Scoreに基づくトリミングを実施します。
Step3: BLASTによるTaxonomy classification
NCBI Genbankに登録された16s rRNA配列とITS 1/2 Spacer region配列を対象に相同性検索を実施し、リードごとに最も相同性が高い細菌種もしくは真菌種を割り当てます。
Step4: グラフとAbundance tableの出力
棒グラフ、円グラフ、ドーナツグラフと相対存在量(Relative Abundance)テーブルがMetagenome解析の結果として出力されます。
Step5: @KIN Web Statによる統計解析
Metagenome@KINで出力された菌叢解析結果を@KIN Web Statに入力し統計解析を実施可能。
@KIN Web Stat では下記の統計解析を用いた高度な菌叢解析が可能です。
β多様性解析(PERMANOVA)
α多様性解析(Shannon/Simpson Indexの算出とKruskal-Wallis test)
LEfSe
ALDEx2
PICRUSt2
AIによる細菌叢解析結果の解釈
Metagenome@KIN使用の主な論文
Increased freedom of head movement mitigates stress and bacterial load in the airways of horses during transport.
Front Vet Sci. 2024 Oct 4;11:1477653.
A Cohort Study of the Influence of the 12-Component Modified Japanese Diet Index on Oral and Gut Microbiota in the Japanese General Population.
Nutrients. 2024 Feb 13;16(4):524.
The gut microbiota composition in patients with right- and left-sided colorectal cancer and after curative colectomy,
as analyzed by 16S rRNA gene amplicon sequencing.
BMC Gastroenterol. 2022 Jun 25;22(1):313.
The Effects of Dietary Supplementation of Lactococcus lactis Strain Plasma on Skin Microbiome and Skin Conditions in Healthy Subjects—A Randomized, Double-Blind, Placebo-Controlled Trial.
Microorganisms 2021, 9, 563.
The altered production and property of saliva induced by ingesting fermented food ingredients affect the oral microbiome composition in mice Free
Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry, Volume 87, Issue 2, February 2023, Pages 228-235