Metagenome@KIN -​メタゲノム解析

解析の流れ

 

シーケンスデータ

当ソフトウエアで検証されているシーケンスデータは ライフテクノロジーズ社、イルミナ社、およびオックスフォードナノポア社からのFastqファイルからのデータとなります。

事前処理

各種高速シーケンサーから出力されたリードは事前にクオリティチェックおよびプライマー配列、アダプター配列、Tag配列除去を実行します

BLAST/RDP MultiClassifierの実施

16SrRNAデータベースを提供、BLAST 実行画面より条件設定を行い実行。 RDP MultiClassifierによる分類を行う場合は、弊社よりBlastプログラムとともに無償ツールをご提供しています。

階層分類実施

BLAST結果ファイルもしくはRDP MultiClassifierの実行結果ファイルを解析画面にドラッグ&ドロップすることでNCBI Taxonomy ID付与とリスト化、Taxonomy データベースルールに基づいた階層分類によるサンプル毎の円グラフ、ドーナッツグラフ、棒グラフの自動生成が行われます。

各階層におけるサンプル間比較

複数サンプルを同時に解析すると円グラフや棒グラフでサンプル間比較可能、比較は階層毎に表示可能です。

統計処理

比較したい複数サンプルのBlast結果もしくはRDP Classifier実行結果データをツールで分析すると

  • 主成分分析 (PCA) - 2D、3Dインタラクティブ、3Dアニメーション、PCoA

  • 自己組織化マップ (SOM)

  • 階層型クラスタリング

  • α多様性算出

が自動的に作成されます。

16S rRNA・ITS Metagenome Analysis
BLAST/RDP Classifierの実行結果から
Taxonomy ID付加、集計、統計処理をパッケージ化

Metagenome@KINは次世代シーケンスデータを利用した16S rRNAゲノム解析ツールです。
リード配列のBLASTまたは RDP MultiClassifier実行後のデータを弊社のソフトにドラッグ&ドロップするだけで菌種のグルーピングおよび階層分類を実行できるツールです。
さらに、分類された結果を各種統計表示機能で比較することが可能です。OTU機能も付属しています。

  • BLASTまたはRDP Classifier実行結果から階層毎にTaxonomy ID 付与したリスト作成

  • バクテリアおよび真菌のメタゲノム解析を実行

  • BLAST結果の配列のミスマッチ塩基数、ギャップ塩基数に基づくフィルタリングはご自分で設定可能

  • パッケージ購入者へはBLAST用処理ツールとRDP Classifier実行ツールを無償で提供

  • RDP Classifierの実行結果のConfidence Valueのフィルタリング可能

  • Taxonomy データベースルールに基づいた階層分類、OUT機能による分類

  • ドーナツグラフ、円グラフ、棒グラフの自動生成

  • 階層毎の円グラフにおける分類集計

  • 階層毎の棒グラフによる分類集計

  • 階層毎の各サンプルのリード数集計

  • 統計処理機能- SOM, PCA, PCoA、階層型クラスタリング

  • アルファ多様性算出機能

  • タブ区切りテキスト形式での菌叢データ出力

  • HTMLレポート形式での解析結果出力によりソフトがなくても結果を閲覧可能

  • 解析は一般研究者でも利用できる簡単画面で操作

  • ​16S rRNAデータベース提供 (その他データベースについてはご相談ください)

製品カタログ
download-document-icon-15.jpg
​動作環境

ハードウエア:

 O  S   : Windows 10 64bit

 メモリ:  16G 以上

その他必要なソフトウエア:

 R 3.1 or later

 Java 8 or later

ライセンス形態

PC 固定永久ライセンス

​提供データベース

16S rRNAデータベースを定期的にアップデートし提供いたします。

その他独自データベースや、絞り込まれた菌群のデータセット、ITS/28Sなどのデータベースご希望の方は別途ご相談をお受けしております。

Show More

各種マニュアル、テストデータ等についての詳細はリソースページをご覧ください。

 

デモ版を提供しています。

​フォームに記入の上ダウンロードしてください。

尚、metagenome@KINのトライアル版は正式購入版ではございません。

 Metagenome@KIN_J.Zip (424.7 MB)

  ・プログラムファイル​

デモ版ダウンロード

お手数ですが下記に必要事項を記入の上ダウンロードください。

は必須項目です