Life Science Knowledge Bank - ナレッジデータベース
創薬支援ナリッジソリューション
LSKBはクラウドベースの創薬のためのターゲット探索システムで、疾患からのターゲット探索を始め、化合物構造からのターゲット予測機能を持ち、ドラッグ・リパーパシングを始め、作用機序の解釈や毒性情報の参照などの機能を有しています。
文献の解釈にはAIを利用し疾患とターゲットの関係をグループ化して、さまざまな角度で既知情報から特徴を抽出しています。
![P10-1.png](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_279c882565e3449fbd655489e86a3b13~mv2.png/v1/fill/w_600,h_123,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,enc_auto/P10-1.png)
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ターゲットやバイオマーカーの探索
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化合物からのターゲット予測
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ドラッグ・リパーパシング
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毒性や安全性情報の参照
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ワークフローツールで処理の自動化
製品カタログ
動作環境
クラウドシステム
FireFox
Google Chrom
Safari
ライセンス形態
年間ライセンス
詳細はお問合せください。
疾患から、ターゲット・バイオマーカー・候補治療薬を探索
Target Exploration
疾患から効率よくターゲットを探索
Biomarker Exploration
疾患からBiomarker候補遺伝子を探索
GO-MoA
疾患ターゲットと薬剤の生物学的機能を利用して疾患から新規化合物、新規ターゲットを探索
さまざまな手法で探索した結果の共通項を求めれるのが特徴です。
![p3-3.png](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_88e4840894464bd6aa33baf19054ca4c~mv2.png/v1/fill/w_541,h_144,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,enc_auto/p3-3.png)
![p3-1.png](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_08aa466dac624f83ac6727faffd611d3~mv2.png/v1/fill/w_55,h_26,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/p3-1.png)
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_7bb00daed8544370b487073258e4767e~mv2.png/v1/fill/w_65,h_54,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_7bb00daed8544370b487073258e4767e~mv2.png)
■ 化合物からターゲット予測
Target Prediction
化合物構造から構造類似性とアッセイデータを利用してターゲットを予測
Novel Target Estimation
by Protein Similarity
タンパク質の類似性を利用してターゲット候補範囲を広げて探索
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_ba7ce3d93ea8480ebc18c16267e0bdc2~mv2.png/v1/fill/w_56,h_5,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_ba7ce3d93ea8480ebc18c16267e0bdc2~mv2.png)
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_52fe11d65910428d80b49dd6d45e2dbf~mv2.png/v1/crop/x_1650,y_0,w_2850,h_1232/fill/w_53,h_23,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_52fe11d65910428d80b49dd6d45e2dbf~mv2.png)
加重平均によってターゲットを予測、さらにポケット類似性タンパク質を求め、範囲を広げて探索
■ ドラッグ・リパーパシング
Drug Repurposing
疾患や既存化合物から新しい候補を探索
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_5487fe2b13414010be1bc2e3d8691044~mv2.png/v1/fill/w_55,h_3,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_5487fe2b13414010be1bc2e3d8691044~mv2.png)
(A) 構造からのターゲット予測と、タンパク質類似性により拡大し、新たな疾患のターゲットを探索するルート
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_a42e4a809efb4d54852189beb159111c~mv2.png/v1/fill/w_80,h_21,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_a42e4a809efb4d54852189beb159111c~mv2.png)
(B) 疾患とその治療薬の生物学的機能を利用して新規ターゲットを探索するルート
さまざまな手法で探索した結果の共通点を求める
■ 毒性情報参照
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_0d7303abdcef4f0581505a4eb07ec4dc~mv2.png/v1/fill/w_76,h_10,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_0d7303abdcef4f0581505a4eb07ec4dc~mv2.png)
Toxicity associated Targets
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_c42b050e35134911b777ff50f15e710f~mv2.png/v1/fill/w_104,h_70,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_c42b050e35134911b777ff50f15e710f~mv2.png)
EvidenceとともにHepatotoxicityに関わるターゲットをリストアップした例
Liver toxicity/Adverse Event Information
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_1ad6a31140be49a98db8e53065c84d1f~mv2.png/v1/crop/x_141,y_0,w_446,h_408/fill/w_95,h_87,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_1ad6a31140be49a98db8e53065c84d1f~mv2.png)
RosiglitazoneのLiver toxicity表示例
■ 遺伝子発現実験から毒性表現型予測・作用機序予測
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_4a07d91dd3544331bc5bc93c43027e79~mv2.png/v1/fill/w_81,h_12,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_4a07d91dd3544331bc5bc93c43027e79~mv2.png)
Expression Analysis
遺伝子発現解析により MoA(作用機序)や内在する毒性を示唆する
発生毒性に関するGSEAデータセットを持っていることが特徴。
その他、MoAなどのデータセットも準備している。
ゼブラフィッシュの発生毒性の予測例
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_68b76dfb4def4c359a5d78a8e6d10fb4~mv2.png/v1/fill/w_60,h_24,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_68b76dfb4def4c359a5d78a8e6d10fb4~mv2.png)
■ 検索パイプライン構築ツール
Workflow
標準メニューにない探索パイプラインが構築可能。
目的とするデータ収集を可能にする自動化処理。
繰り返し誰でも使える定型化。
データのアップデート時も再実行で更新。
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_7412bb4a782b43059288810faee92000~mv2.png/v1/fill/w_68,h_40,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_7412bb4a782b43059288810faee92000~mv2.png)
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_1fb8154d872d42cead5d86799dbf18de~mv2.png/v1/fill/w_184,h_162,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_3,enc_auto/701dd8_1fb8154d872d42cead5d86799dbf18de~mv2.png)
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_239bbbb3924348fbbe88389eccfeedba~mv2.png/v1/fill/w_67,h_122,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_239bbbb3924348fbbe88389eccfeedba~mv2.png)
![](https://static.wixstatic.com/media/701dd8_4b0563f9cbe14671a5991b7ab354dfd7~mv2.png/v1/crop/x_28,y_172,w_1598,h_762/fill/w_64,h_30,al_c,q_85,usm_0.66_1.00_0.01,blur_2,enc_auto/701dd8_4b0563f9cbe14671a5991b7ab354dfd7~mv2.png)
ElpisMapで描画
化合物の部分構造と、複数のターゲットタンパク質を指定し、公共データから化合物の活性値と分子量をもとに、意思決定を行うツールElpis Mapで表示するパイプラインの例