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NANO TOOLs リソース
マニュアル/ドキュメント
簡単な利用方法紹介
Step1,初回起動時の操作-Ubuntuのインストール
Nano Tool 2.0を初回起動する前に、コントロールパネル>プログラムと機能>Windowsの機能の有効化、からWindows Subsystem for Linuxにチェックを入れ、再起動後にNanoTools2.exeを起動して下記動画内容の操作を行います。
Step2, Fast5 > Fastq変換
Fast5ファイルからFastqファイルへの変換を行うには、Nanoporeユーザーコミュニティサイトから取得したGuppy実行ファイルのパスを設定後、Fast5ファイルの入ったフォルダを指定します。
出力先に指定したフォルダ内にバーコードごとにリードがマージされたFastqファイルが作成されます。
Step3, Reference Mapping
Fasta形式の参照配列とFastq形式へ変換済みのNanopore sequence readを入力することで参照配列へのminimp2によるマッピングを実施します。
マッピング終了後、出力先に指定しておいたフォルダにBAMファイルが出力され、マッピング結果がIntegrative Genomics Viewer上で表示されます。
Step4, Structure Variant Detection
Fasta形式の参照配列とFastq形式へ変換済みのNanopore sequence readを入力することで参照配列へのminimap2によるマッピングとSVIMによるstructural variant callを実施します。
結果出力先フォルダにはBAMファイルと共にVariantの種別ごとにbedファイルが出力されます。これをIGVに取り込むことでゲノムブラウザ上でマッピング結果とVariant領域を共に表示することができます。
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