CLC Genomics Workbench －次世代シーケンスデータ解析
高速シーケンスデータ 統合的解析ツール
世界的なディファクトスタンダードソフト
キアゲン社の高速シーケンスデータ解析ソフトウェア「CLC Genomics Workbench」は様々な解析機能を搭載した高速シーケンサの統合解析ツールです。
PCの操作に不慣れな方でも操作でき、最新のデータ解析機能を使用することができます。
Short readからLong readまで様々なシーケンサに対応し、ライセンス形態も
固定PC型、ネットワーク型、サーバー型まで取り揃えています。
さらには、
Genomics WorkbenchはPremium Licenseを購入することで微生物解析やシングルセル解析のツールと追加することができます
製品カタログ
マッピングと変異解析
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様々なシーケンスデータに対応するMappingツールを搭載(WGS/WES/Amplicon/Long Read)
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変異解析はSNV、MNV、InsDelに対応し、Frequency<1%以下の低頻度変異も検出可能
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構造変異(Structure variant)やコピー数変異(CNV)を検出するツールを搭載
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Trio解析、多検体共通変異、Case-Control study(Fisher’s test)など多彩な変異比較解析が可能
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Mapping精度はReferenceとReadの一致率、Miss MatchやInDelのPenaltyを変更して調整可能
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変異検出の正確性に関わるCoverage/Count/Base Quality、その他様々なパラメータを調整可能
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Pair-end readやLong ReadのMapping結果から構造変異を検出
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Variant databaseとして1000Genome、dbSNP、Clinvar、HapMapを搭載
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多彩なワークフローを搭載しWESやWGSに対応した複雑な解析パイプラインを導入時から利用可能
RNAseqと発現解析
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RNAseq readから遺伝子およびmRNAの発現解析を行うトランスクリプトーム解析機能を搭載
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統計解析はDEseq2を改良した独自のツールを搭載し、2群間以上の多群間解析も実施可能
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RNAseq readから新規Transcriptや新規Exon、Splicing異常やFusion Geneの検出が可能
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参照配列やGene/CDSアノテーションを持たない生物種は転写産物単位の発現解析を実施
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small RNA解析機能としてmiRBaseやEnsembl ncRNAに基づくカウント機能を搭載
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HeatMap/PCA/ベン図/k-medoids clusteringにより発現解析結果を多様な視点から解釈可能
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Gene Ontology解析(Fisher検定)機能を搭載し、GOコンソーシアムのGO tableを利用可能
エピゲノム解析
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Bisulfite Sequencing readのMappingに対応しメチル化解析と統計解析を実施
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高メチル化領域をFisher検定やカイ二乗検定でControl側と比較して検出し、重複もしくは近傍にあるGeneやmRNAの情報を付与可能
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Histon Chip-SeqとTranscript factor Chip-Seqに対応する解析ツールも搭載
De Novo Assemble Small Genome
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De Bruijn Graphに基づくDe Novo assembleにより新規ゲノムを構築可能
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Ravenとhifiasmを搭載しPacBio HiFi read/CLR read/Oxford nanoporeに対応
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ハイブリッドアセンブリ機能としてLong readで作成したContigにRaconによるShort read polishを適用する機能を搭載
Sequence Readのトリミング処理およびQCレポートと便利機能
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取り込んだSequence readにPhread Scoreやリード長に基づいたトリミングを実施する機能を搭載
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Read QC Check reportの作成(リード長およびPhread Scoreの分布、頻出塩基パターン等)
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複数のSingle GenomeにMultiple Alignmentを適用して比較するWhole Genome Alignment
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NCBI Sequence read archiveから直接Fastqファイルを取得可能
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NCBIとEnsemblから参照配列やアノテーションを取得するDownload Genome機能を用意
CLC Genomics Workbench Premium License 追加機能
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メタゲノム解析機能-16s Amplicon Sequenceからの菌叢解析
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メタゲノム解析の基礎となるTaxonomy解析、αβ多様性解析、PCoAを搭載
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De novo OTU Clustering/Reference OTU Clusteringの両方に対応
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ショットガンメタゲノムシーケンスにDe Novo assembleとReference assembleの両方で対応
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遺伝子予測と相同性検索によりpfam, pathway, GeneOntologyを参照する機能遺伝子解析が可能
Metagenome解析のReferenceはGreengenes2, SILVA SSU/LSU, MiDAS, UNITE(ITS)から選択
- ショットガンシーケンスから構築したContig配列に対してBinning機能を利用可能
- MLST解析 - Bacteria全ゲノムシーケンスリードからMLST Typingを実施
- 既存MLST Schemeのダウンロード機能と新規作成が可能です
- ショットガンメタゲノムシーケンスデータから薬剤抵抗性遺伝子の探索機能を搭載
- 探索ツールとDBはShortBRED, Nucleotide DB, PointFinder, ARESdbを用意
- scRNAseq Read dataもしくはCell Ranger出力Expression matrixから解析
- Qiagen独自のCell Classifierも利用可能
- Expression MatrixからUMAPを作成し、クラスター間、Cell type間で発現変動遺伝子を探索
- Velocity analysis機能を搭載 - spliced/unspliced count dataが必要
- ATAC-seq, Immune Repertoire, Spatial Transcriptomics(Space Ranger output file)解析
その他 Premium モジュール
Finishing module :
De novo assembleで作成したContigを連結して細菌ゲノムを構築
Light Speed module:
FastqからSomatic/Germline Variantの検出までを高速に行う
Genomics Workbench ネットワーク版
GWBのライセンスにはデスクトップ版 ＰＣ固定ライセンスと ネットワーク版があります。
ネットワーク版は同時アクセスに必要なライセンス数を購入していただきます。
ソフトウエア自体のインストールは複数台可能ですが、アクセス数で利用できるＰＣが制御されます。
（例）
ネットワーク版ライセンス 1本購入の場合
10台のＰＣにソフトウエアインストール可能。
そのうち1台がＧＷＢを起動している場合、他の9台からはＧＷＢを利用できない。
大量のデータ処理をしたい場合や、同時ユーザーが多い場合にはライセンス数を増やす、またはGenomics Serverをご検討ください。
CLC Genomics Server
大量データ処理、データの共有化、アクセスセキュリティを考慮したシステム構築を検討されている方々に最適なシステムです。計算処理ツールと解析ツールを分離することでより効率よくデータの解析が行えます。
Genomics Serverにはコマンドラインツールが付属しており、処理のスクリプトの組み込みが可能です。 さらに、外部アルゴリズムの組込みが可能で、これらアルゴリズムをGenomics Server/Workbenchから実行処理することも可能です。
Genomics Serverは、クライアントPCのGenomics workbenchからジョブ実行・データ操作を行います。
Genomics Server購入時にはGenomics Workbenchも同時購入の必要があります。
動作環境
ハードウエア：推奨モデル
CPU：Corei7 以上
OS：Windows 11 pro 64bit
メモリ：32GB以上
HDD：4TB 以上
用途に応じて動作環境は変更する必要があります。
ハードウエアとのパッケージのご提案もしたおりますのでお気軽にお問合せください。
ライセンス形態
PC固定 年間ライセンス
ネットワーク版ライセンス 年間ライセンス