WHMetagenome@KIN －Whole Metagenome解析
Whole Metagenome Sequece
に対応したソフトウェア
サンプルのグループ化と距離計算の実施、
PCoA/nMDS解析結果プロットを表示
WHMetagenome@KINはイルミナシーケンサより得られるショットガンシーケンスデータから菌叢解析を行うWindowsツールです。
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インストーラーからPCへインストールし、ドラッグ&ドロップ操作で解析実行します。必要な情報はすべてローカルにインストールされインターネットへの参照はありません。
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シーケンスデータ（Fastq）を元に解析実行し、結果をhtml形式のファイルへ保存します。
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解析結果htmlはフォルダごとコピーを行えばどこでもブラウザで表示できます。
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サンプルはグループを指定可能で3グループ以上の場合はPCoA/nMDS解析を行うことが可能です。（1グループに1サンプルを指定すると3サンプル(Fastq)で可能）
Ver0.09 ベータバージョン
動作環境
Windows OS
CPU Coreiシリーズ (8世代以降)
メモリ 16GB
ストレージ インストール時5GB
解析のFastqサイズ x3倍（途中経過に必要になります）
※ Centrifuge 追加データ領域は別途必要
ライセンス形態
PC固定 永久ライセンス
解析の流れ
シーケンスデータ
当ソフトウエアで検証されているシーケンスデータは イルミナ社からのFastqファイルからのデータとなります。
データベースの選択
（１）Centrifugeに使用するIndexDataを選択する。
サンプルファイルの指定とグループの設定をおこなう
（２）add sequenceボタンで、fastqとGroupの設定を行う（３グループ以上なら距離計算を行うメソッドを指定する。
解析を実行する
（３） Analysis（ボタン）で解析開始することで、各種ツールを組み合わせたパイプラインが自動実行されます。
インデックスはCentrifugeサイトより提供されている【P_compressed 12/06/2016 Bacteria, Archaea, Viruses, Human】が含まれています。またインストール後に対象データを増やすことが可能です。
解析結果
Analysisボタンをクリックした際に指定したフォルダの結果が保存されています。
Centrifuge実行結果をグラフ表示するreCentrifugeの結果
SpeciesレベルでのPCoA表示
SpeciesレベルでのnMDS表示
分散の並べ替え多変量分析に関して
PERMANOVA機能は試験的な結果をhtmlファイルに保存されます。
評価版を提供しています。本バージョンはすべての機能が無償でご利用いただけます。
フォームに記入の上ダウンロードしてください。
ご意見、ご要望などお寄せください。
WHMetaSsetup.zip（6.7GB)
・プログラムファイル