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Tips
以下の拡張子で構成されるデータの閲覧ツール
*.alignファイル
NCBI アライメントビューア（web版）
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/msaviewer/
Windowsツール aliview
http://www.ormbunkar.se/aliview/
.bamファイル
Tablet をおすすめします。
https://ics.hutton.ac.uk/tablet/
そのほか、
Genomics Work Bench
UGENE http://ugene.net/
ncbi work bench https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/tutorial6/
が利用できます。
*リファレンスファイルを指定する必要があります。
*お返しするデータには、下記以外のお客様の利用しないシステムファイルやログファイルが含まれています。
Directory | File/Sub Directory | Description |
|---|---|---|
COVID19高速シーケンスデータ解析サービス結果例 | Result_Summary.xlsx | 解析レポート |
SRR21853139 | 解析したサンプルの詳細データフォルダ | |
SRR21853140 | 解析したサンプルの詳細データフォルダ | |
SRR21853141 | 解析したサンプルの詳細データフォルダ | |
SRR21853139 | Consensus | コンセンサス配列データフォルダ |
FastQC | QCコマンド後のFastQデータフォルダ | |
aligned | １回目と２回目のマッピング結果データフォルダ | |
blast | blast結果データフォルダ | |
SRR21853139/Consensus | SRR21853139-corona-consensus1-align.fasta | コロナ標準株、ncbi最近似株、コンセンサス配列のFasta形式ファイル
アライメント実行する際に使用される |
SRR21853139-corona-consensus1-nextclade.tsv | 作成されたコンセンサス配列に対してnextclade型推定を行った結果 | |
SRR21853139-corona-consensus1-pangolin.csv | 作成されたコンセンサス配列に対してPangolin型推定を行った結果 | |
SRR21853139-corona-consensus1.fasta | 当該サンプルの解析でTop1のコンセンサスFasta形式ファイル | |
corona.fasta | 当該サンプル解析結果の全コンセンサスFasta形式ファイル | |
coronaPreConsensus.fasta | 当該サンプル解析結果のギャップ在りコンセンサスFasta形式ファイル | |
SRR21853139/FastQC | SRR21853139_L001_R1.fasta | QCコマンド後のFastqからFasta形式ファイルへ変換結果 |
SRR21853139_L001_R1.fastq.gz | QCコマンド後のFastq形式ファイル | |
SRR21853139_L001_R1_unpaired.fastq | QCコマンドにて除外された配列 | |
SRR21853139_L001_R2.fasta | QCコマンド後のFastqからFasta形式ファイルへ変換結果 | |
SRR21853139_L001_R2.fastq.gz | QCコマンド後のFastq形式ファイル | |
SRR21853139_L001_R2_unpaired.fastq | QCコマンドにて除外された配列 | |
SRR21853139/blast | corona_1stBlastQuery.bln | 最初に作成されたコンセンサス配列とncbi登録コロナウイルスBlastDBへBLASTN実行結果（当該結果から2nd マッピングのリファレンス配列が決定される） |
SRR21853139/aligned | 1st_aligned | １回目のマッピング結果データフォルダ |
2nd_aligned | ２回目のマッピング結果データフォルダ | |
SRR21853139/aligned/1st_aligned | corona-sorted.-aa.vcf |