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Tips

以下の拡張子で構成されるデータの閲覧ツール

*.alignファイル

NCBI アライメントビューア（web版）
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/msaviewer/
Windowsツール aliview
http://www.ormbunkar.se/aliview/

.bamファイル

Tablet をおすすめします。
https://ics.hutton.ac.uk/tablet/
そのほか、
Genomics Work Bench
UGENE http://ugene.net/
ncbi work bench https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/gbench/tutorial6/
が利用できます。
*リファレンスファイルを指定する必要があります。

*お返しするデータには、下記以外のお客様の利用しないシステムファイルやログファイルが含まれています。

Directory	File/Sub Directory	Description
COVID19高速シーケンスデータ解析サービス結果例	Result_Summary.xlsx	解析レポート
	SRR21853139	解析したサンプルの詳細データフォルダ
	SRR21853140	解析したサンプルの詳細データフォルダ
	SRR21853141	解析したサンプルの詳細データフォルダ
SRR21853139	Consensus	コンセンサス配列データフォルダ
	FastQC	QCコマンド後のFastQデータフォルダ
	aligned	１回目と２回目のマッピング結果データフォルダ
	blast	blast結果データフォルダ
SRR21853139/Consensus	SRR21853139-corona-consensus1-align.fasta	コロナ標準株、ncbi最近似株、コンセンサス配列のFasta形式ファイルアライメント実行する際に使用される
	SRR21853139-corona-consensus1-nextclade.tsv	作成されたコンセンサス配列に対してnextclade型推定を行った結果
	SRR21853139-corona-consensus1-pangolin.csv	作成されたコンセンサス配列に対してPangolin型推定を行った結果
	SRR21853139-corona-consensus1.fasta	当該サンプルの解析でTop1のコンセンサスFasta形式ファイル
	corona.fasta	当該サンプル解析結果の全コンセンサスFasta形式ファイル
	coronaPreConsensus.fasta	当該サンプル解析結果のギャップ在りコンセンサスFasta形式ファイル
SRR21853139/FastQC	SRR21853139_L001_R1.fasta	QCコマンド後のFastqからFasta形式ファイルへ変換結果
	SRR21853139_L001_R1.fastq.gz	QCコマンド後のFastq形式ファイル
	SRR21853139_L001_R1_unpaired.fastq	QCコマンドにて除外された配列
	SRR21853139_L001_R2.fasta	QCコマンド後のFastqからFasta形式ファイルへ変換結果
	SRR21853139_L001_R2.fastq.gz	QCコマンド後のFastq形式ファイル
	SRR21853139_L001_R2_unpaired.fastq	QCコマンドにて除外された配列
SRR21853139/blast	corona_1stBlastQuery.bln	最初に作成されたコンセンサス配列とncbi登録コロナウイルスBlastDBへBLASTN実行結果（当該結果から2nd マッピングのリファレンス配列が決定される）
SRR21853139/aligned	1st_aligned	１回目のマッピング結果データフォルダ
	2nd_aligned	２回目のマッピング結果データフォルダ
SRR21853139/aligned/1st_aligned	corona-sorted.-aa.vcf	コロナ標準株のマッピング結果より取得した変異情報からアミノ酸へ変換したvcf形式ファイル
	corona-sorted.bam	コロナ標準株のマッピング結果bam形式ファイル
	corona-sorted.vcf	コロナ標準株のマッピング結果より取得した変異情報vcf形式ファイル
	corona.mpileup	コロナ標準株のマッピング結果からsamtools mpileupコマンド結果
	corona_1stBlastQuery.fasta	コロナ標準株のマッピング結果から作成したコンセンサス配列
SRR21853139/aligned/2nd_aligned	corona-preTop1-sorted.-aa.vcf	ncbi最近似コロナ株のマッピング結果より取得した変異情報からアミノ酸へ変換したvcf形式ファイル
	corona-preTop1-sorted.pileup	ncbi最近似コロナ株のマッピング結果からsamtools pileupコマンド結果
	corona-preTop1-sorted.vcf	ncbi最近似コロナ株のマッピング結果より取得した変異情報vcf形式ファイル
	corona-preTop1.csv	ncbi最近似コロナ株のマッピング結果からリファレンスに対してマッピングされた各塩基・Gap情報
	corona-preTop1.mpileup	ncbi最近似コロナ株のマッピング結果からsamtools mpileupコマンド結果
	reference	リファレンス配列フォルダ
SRR21853139/aligned/2nd_aligned/reference	corona.fna	ncbi最近似コロナ株 Fasta形式ファイル