CoVGAS -​ コロナウイルスゲノム配列解析 専用ソフト

高速シーケンサデータから

新型コロナウイルス  ゲノム配列・型推定

CovGAS: Automatic Corona virus Genome Assembly Software

CovGAS・新型コロナウイルス(COVID-19) ゲノム配列解析ソフトウェアはゲノム配列解析に利用する高速シーケンサから出力された "COVID-19"の配列データの解析をGUI上での簡易な操作のみで利用できます。

 

コロナウイルス専用のワークフローによりシーケンサーからのデータを解析し

■ゲノム配列の決定

■参照配列に対するアミノ酸変異の検出を自動的に実施

Nextclade 型推定、Pangolin  型推定

までを自動で実施します。

 

*変異検出に使用される参照配列はNC_045512(Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1)を使用。
*ゲノム配列はNCBI Virusに登録されたCOVID19参照配列データベースから最適なウイルス株を参照配列と選択して実行されたマッピング結果をもとに作成。

Covworkflow.png

 CovGASではゲノム配列解析の結果として類似株の同定、clade情報、近縁株の情報を表示します。

検体中に存在した新型コロナウイルスが持つゲノム配列と最も相同性が高いNCBI Virus Database登録済みのCOVID-19株に付随する情報、採取地点および採取日時情報を取得して表示します。

検体中の新型コロナウイルスの

変異・近縁株の情報(採取地点・採取日時)、

型情報などを ​一覧で表示

CoVGAS

評価版のご利用ありがとうございました。
おかげさまで多くのご要望を頂きました。
現在Ver1.0正式版のトライアルを配布中。

 
製品カタログ

2週間のトライアルを準備しています。

Ver Ver 1.0.20210810

 CovGAS.zip (1.6GB)‐2021/9/1 

  ・プログラムファイル​

      ・セットアップマニュアル

      ・マニュアル

      ・データベース(最新版自動更新)

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CovGASパンフ
ライセンス料半額
​キャンペーン中
詳細はこちらから>>
CovResult.PNG
​動作環境

CPU:Core i5/ i7以上(8世代以上を推奨)

メモリ:8Gb(16Gb以上を推奨)

ストレージ:1Tb以上を推奨(インストール領域500Gb)

O  S   : Windows 10 64bit (バージョン1709以降)

ライセンス形態

PC固定 永久ライセンス

イルミナ社 MiSeq・オックスフォードナノポア社

シーケンサー対応

Windows上ですべての解析可能

CovGASは全てをWindows PC上で操作可能で、各シーケンスデータをそのままドラッグ&ドロップするだけで解析が開始され、自動的に結果が表示されます。

 

コマンド技術や難しい操作は不要です。シーケンサーをご利用の機関であればどこでも解析が可能となります。

イルミナ社MiSeqとオックスフォードナノポアシーケンサーのデータは、簡単な操作で切り替えできます。

*Nanpore シーケンサをご利用で basecall を実施せず出力したFast5ファイルの場合や、解析時に検体ごとのBarcode分割を行いたい場合はGuppy windows版をご用意いただく必要があります

sequencers.png

​機能一覧(Ver1.0)

  • Fastqファイル(イルミナ社/オックスフォードナノポア社 シーケンサ)対応

  • Windows上のGUIから複数検体ファイルをドラッグアンドドロップし、ゲノム配列決定から型判定まで自動的に実行

  • 検体の決定されたゲノム配列を結果画面に表示、Fasta形式にて取得可能

  • コンセンサス配列と共にNCBIに登録されている近似株の株付属情報(採取地点・日時・GenBank Accession)等の表示

  • 最終コンセンサスと類似株のマッピング結果のリファレンスカバー率・平均カバレッジの表示

  • コロナ標準株へのマッピング結果より変異箇所をVCF形式で出力、アミノ酸変異箇所へのコンバート

  • アライメントビューアー(AliView), マッピングビュアー(Tablet)との連携

  • Illumina Pairend シーケンスのPrimer配列除去(Alt_nCov2019_primers)

  • 検体の変異箇所からNextclade 型推定(詳細はNextclade サイトへ出力されたコンセンサス配列を入力)

  • コンセンサス配列からPangolin  型推定(Pangolin lineage)

  • 最新似株配列データベース自動更新

※ Nanopore社が提供するGuppyをインストールする事により Fast5 raw-data 形式の検体データに対応します

 

*当ソフトウェアに組み込まれたウイルスゲノム配列解析ワークフローは特許第6624736号に登録された方法を元に作成されています。

解析の流れ
1. シーケンスデータ
  • Fastqをドラッグアンドドロップ (複数選択可能)

CovGASデータ入力画面

シーケンスデータの入力画面。Illumina/MinIONを選択し、シーケンスデータをドラッグ&ドロップ

2. QCチェック(自動実行)

Read dataのQuality Control (Phread scoreとRead長に基づくトリミング)の実施

3. マッピング(自動実行)

QCを通過した Fastqファイルを対象にNCBIより取得したリファレンス配列へマッピングを行います。

マッピングは、1stマッピング後コンセンサス配列を作成後、そのコンセンサス配列をもとに2ndマッピングを実施しています。本アルゴリズム詳細はお問い合わせ下さい。

4. ゲノム配列決定・類似株決定(自動実行)

上記マッピング手法で求めた方法で求めたncbiの類似株情報を表示

5. レポート
  • この例ではNCBI に登録されているMW084426.1が最近似株としています。

  • MW084426.1の情報からサンプル取得日、取得場所などの情報を表示するしています。

  • GISAID に記載されているGH型と推定しており、Nextclade 20H (Beta, V2) 変異株にある7個の変異箇所のうち5つが共通していることを示し、Pangolin Lineage B.1.2 がアサインされています。

  • MW084426.1をリファレンスとしたマッピング結果より、平均カバレッジ、カバー率と、コンセンサス配列が表示されます。

  • Nextclade、Pangolin の文字列からブラウザが起動し、表示されているコンセンサス配列を入力することで、各サイトにおける詳細情報を得ることが可能です。

CovResult6.PNG
 

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Ver 1.0.20210810

 CovGAS.zip (1.6GB)‐2021/9/1

  ・プログラムファイル​

      ・セットアップマニュアル

      ・マニュアル

      ・データベース(最新版自動アップデート)

インストール後、最新のデータベースに自動的にアップデートされます。
必ずインターネットに接続した環境でご利用ください。
​動作環境

CPU:Core i5/ i7以上(8世代以上を推奨)

メモリ:8Gb(16Gb以上を推奨)

ストレージ:1Tb以上を推奨(インストール領域500Gb)

O  S   : Windows 10 64bit (バージョン1709以降)

デモ版ダウンロード

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