Software to Accelerate Your Path to Discovery

FluGASは高速シーケンサーで取得したインフルエンザウイルスゲノムのシーケンスデータから、簡単な操作でサブタイプ(亜型)の判定と分節ごとの塩基配列を決定する機能を提供するソフトウェアです。

高速シーケンサから出力される膨大なA型およびB型インフルエンザの全ゲノムシーケンスデータを自動的にアセンブルし、亜型の判定まで行うことができます。

さらに、H1およびH3亜型のウイルスに関しては、Cladeの判定まで実施します。​

• ペアエンドFastqファイルまたはLong Read Fastqファイルから直接インフルエンザのサブタイプを自動判定

• 分節ごとの塩基配列のアセンブルを自動化し、8分節すべてのコンセンサス配列を作成

• 必要な操作はFastqファイルのドラッグアンドドロップのみで複数検体のバッチ処理にも対応

• A型・B型インフルエンザ両方に対応

• H1/H3亜型はNextCladeの判定アルゴリズムによりClade/SubCladeまで判定

• A型インフルエンザの場合はHA, NAのサブタイプまで判定、B型インフルエンザはVictoria/Yamagataを判別

• ​​参照配列に対するウイルスゲノムのMutationはVCF形式で分節ごとに報告

• ​最大3種類の異なったサブタイプが混合感染している場合でもサブタイプごとに結果を報告

• サブタイプ判定時に利用する参照データベースはNCBI Influenza virus resourceに登録された配列を使用

• 解析結果は検体ごとにGISAID登録用エクセルファイル形式、および複数検体の結果もタブ区切りテキストファイル形式で出力可能なため結果の確認と管理が容易

• 解析結果はアプリケーションに保存され、解析を行った期間を指定してまとめて結果を出力させることが可能

• トリ・ブタ・ウマ・ヒトなどすべての動物由来インフルエンザに対応

• データベース更新機能