Deep Drug Discovery
スペイン Chemotargets社 の Deep Drug Discovery(D3)プラットフォームによる創薬支援サービスの取り扱いを開始しました。
D3 サービスは、タンパク質構造から結合可能なフラグメントを選出し、合成可能性を考慮しながら 構造を拡張し、ターゲットタンパク質への親和性を評価しながら、最終的に実際の薬剤となっている化合物の構造生成を実現しました。
D3プラットフォームの4つのコアテクノロジー
タンパク質の立体構造から、表明に結合するフラグメントとその位置を決定します。
PDBの結合リガンドフラグメントとポケットの原子タイプの位置情報を網羅的解析情報から、結合可能なフラグメントとその位置を決定します。
タンパク質の立体構造に作用するフラグメントからタンパク質との複合体の安定性を評価します。
ドッキング手法とMD手法を組み合わせて、親和性の強さを評価します。
合成可能性を背景に 安定したフラグメントの構造を展開し、ケミカルスペースの拡張を行います。
化合物カタログの情報解析でフラグメントから得た構造転換パターンにより合成可能性を考慮した分子構築を行います。
生成した低分子化合物楮の結合親和性や安全性の予測を行います。
Chemotargets Clarityの手法をベースに、新しいデータと手法を改良して、生成した構造のプロファイルを予測します。
scientific reports
インシリコ フラグメントスクリーニング手法 SurfScanにより、ハンチントン病の前臨床の候補化合物GLYN122へ導いた1) ことが報告されています。
ハンチントン病のターゲット 変異ハンチンティンpolyQ の表明に結合する67個の低分子化合物が結合する状態を示しています。
更に 前臨床候補GLYN122は SurfScanの手法により適合した２つの結合フラグメントからGLYN026を通じて展開されたことを示しています。
Chemotargets社のDeep Drug Discovery プラットフォームでは 上記４つの手法のサイクルにより、タンパク質構造から 適合するフラグメントを選出し、その構造から合成可能性を考慮した構造拡張 を行い、結合親和性、安全性予測、さらにタンパク質構造との結合親和性を指標に最適化を実行し、薬剤候補化合物へと導きます。
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サービスの流れ
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当社からの本サービスのご説明
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機密保持契約の締結
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Chemotargets社とのミーティング
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Chemotargets社への標的タンパク質の開示（3次元構造の提供の可否）と打ち合わせ
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コアフラグメントの選択、生成構造の評価、委託合成、スクリーニングの要否など詳細と契約内容を2社で 打ち合わせていただきます。
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D3 プラットフォームによる 構造生成サービスの実行
（ケースバイケースで順序、内容が異なることがございます。）
Reference
1) Chemotargets社 の Deep Drug Discovery(D3)プラットフォームによる創薬支援サース