Nexus CNV -​ ゲノムコピー数解析

NEXUS copy number  コピー数変異解析の決定版

Nexus Copy Numberはマイクロアレイや次世代シーケンスデータを用いたCopy Number Variation (CNV)解析において、 コピー数変化の解析をシンプルな操作系にて実現し、同時に1000サンプル以上の高速自動解析を可能にするソフトウェアです。 コピー数変化の解析に必須となるアノテーション情報を柔軟に設定でき、 遺伝病・miRNA (例:miRBase)・CNV (例:The Centre for Applied Genomics Database of Genomic Variants) についての 公共データベースやユーザー独自のアノテーションを融合してご利用頂けます。 また、マイクロアレイで測定された遺伝子発現変動に関するデータを染色体上にて表示することができ、 コピー数変化領域と発現変動遺伝子の座位をゲノム上にて容易に統合して解析することができます。

  • コピー数変化やLOHの解析をシンプルな操作で実行

  • セグメンテーションアルゴリズムのパラメータ個別調整可能

  • 1000サンプル以上の高速自動解析可能

  • アジレント社、アフィメトリクス(サーモフィッシャー社)、イルミナ社、等様々なアレイフォーマットに対応

  • ​次世代シーケンスデータはBAMファイルからの解析可能

  • 臨床パラメータでの群間比較が簡単

  • ゲノム上にて遺伝子発現データの参照も可能

  • さまざまな表示およびレポート機能付属

  • 複数の判別アルゴリズムへの対応

  • 解析試料のQC算出実施

  • Windows版またはMac版を選択可能

BioDiscovery algorithms
 

Rank Segmentation Algorithm:
信頼性に優れたコピー数の変化を検出


SNPRank Segmentation Algorithm:
SNPアレイのLog ratioデータと、

B-対立遺伝子頻度を用いて更なる対立遺伝子イベント(e.g. Copy Neutral LOH)

の解析が可能

​高速シーケンサデータからのコピー数解析機能

Nexus CNVにはゲノムマッピングデータ(BAMファイル)からコピー数解析およびアレル頻度解析を行う機能が搭載されています。
高速シーケンサから出力されたリードデータをヒトやマウスのゲノムにマップして作成されたBAMファイルをご用意ください(10検体以上を推奨)。
Nexus CNVの提供するBAM pooled reference法により100bp単位でのdepthをNormalサンプルに由来するBAMファイルから計算し参照用データを作成、 その後疾患検体のBAMファイルと比較することでコピー数解析を行います。
さらにSNP部位を検出してBアレル頻度を計算し、LOHの検出などのアレル頻度解析を同時に実施します。

BAM pooled reference法はNGSデータのコピー数解析アルゴリズムとして広く知られるCoNIFERやxHMMよりも高い感度を実現しています。
さらに全ゲノム・エクソーム・Targetアンプリコンのいずれのシーケンスデータにも適用できます。
White paper: http://resources.biodiscovery.com/white-papers

データの探索と解析
  • 臨床パラメータ等の表現型情報との統合

  • 表現型や因子ごとに分割された試料グループ間でのコピー数変化の頻度表示 

・遺伝子およびmiRNA発現データとの統合解析(発現情報と染色体コピー数変化の関連付け) 

・染色体領域における遺伝子機能の特徴抽出(Gene ontology enrichment analysis)

  • Factor enrichment解析

  • 遺伝子もしくはゲノム領域に対する全サンプルを通じての探索

  • 群間で有意差のあるコピー数変化領域の同定

  • 統計的に有意と予測されるゲノム領域と、その表現型の同定

  • 生存分析(Kaplan Meierプロットと重み値)

  • ゲノム変化を基にした試料群のクラスター解析

外部データとの統合
  • 外部データベースへのリンク(NCBI, UCSC, Google, Ensemble, DECIPHERなど)

  • 既存アノテーション情報の利用(遺伝子, エクソン, miRNA, CNV, 遺伝病)

  • ゲノム上にマッピングした状態で直感的に理解可能

  • ユーザー独自のアノテーション情報の設定可能

  • ユーザー独自のデータサーバーとの連携可能

解析結果のレポート機能
  • 全サンプルもしくは個々のサンプルデータごとの解析結果のレポートを作成可能

  • 表はテキストファイル、画像はJPEGなどの形式で出力可能

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製品カタログ
Nexus CNV パンフレット
​動作環境

ハードウエア:

CPU :  Core i7以上 

O  S :  Windows 10 64bit /  MAC

メモリ:  16G 以上

ライセンス形態

PC 固定年間ライセンス

(3か月、6か月 ライセンス有)