NEXUS copy number コピー数変異解析ソフト

Nexus CNV　－　ゲノムコピー数解析

NEXUS copy number コピー数変異解析の決定版

Nexus Copy Numberはマイクロアレイや次世代シーケンスデータを用いたCopy Number Variation (CNV)解析において、コピー数変化の解析をシンプルな操作系にて実現し、同時に1000サンプル以上の高速自動解析を可能にするソフトウェアです。コピー数変化の解析に必須となるアノテーション情報を柔軟に設定でき、遺伝病・miRNA (例：miRBase)・CNV (例：The Centre for Applied Genomics Database of Genomic Variants) についての公共データベースやユーザー独自のアノテーションを融合してご利用頂けます。また、マイクロアレイで測定された遺伝子発現変動に関するデータを染色体上にて表示することができ、コピー数変化領域と発現変動遺伝子の座位をゲノム上にて容易に統合して解析することができます。

コピー数変化やLOHの解析をシンプルな操作で実行
セグメンテーションアルゴリズムのパラメータ個別調整可能
1000サンプル以上の高速自動解析可能
アジレント社、アフィメトリクス（サーモフィッシャー社）、イルミナ社、等様々なアレイフォーマットに対応
次世代シーケンスデータはBAMファイルからの解析可能
臨床パラメータでの群間比較が簡単
ゲノム上にて遺伝子発現データの参照も可能
さまざまな表示およびレポート機能付属
複数の判別アルゴリズムへの対応
解析試料のQC算出実施
Windows版またはMac版を選択可能

algorithms

Rank Segmentation Algorithm：
信頼性に優れたコピー数の変化を検出

SNPRank Segmentation Algorithm：
SNPアレイのLog ratioデータと、
B-対立遺伝子頻度を用いて更なる対立遺伝子イベント（e.g. Copy Neutral LOH）
の解析が可能

高速シーケンサデータからのコピー数解析機能

Nexus CNVにはゲノムマッピングデータ（BAMファイル）からコピー数解析およびアレル頻度解析を行う機能が搭載されています。
高速シーケンサから出力されたリードデータをヒトやマウスのゲノムにマップして作成されたBAMファイルをご用意ください(10検体以上を推奨)。
Nexus CNVの提供するBAM pooled reference法により100bp単位でのdepthをNormalサンプルに由来するBAMファイルから計算し参照用データを作成、その後疾患検体のBAMファイルと比較することでコピー数解析を行います。
さらにSNP部位を検出してBアレル頻度を計算し、LOHの検出などのアレル頻度解析を同時に実施します。

BAM pooled reference法はNGSデータのコピー数解析アルゴリズムとして広く知られるCoNIFERやxHMMよりも高い感度を実現しています。
さらに全ゲノム・エクソーム・Targetアンプリコンのいずれのシーケンスデータにも適用できます。
White paper: http://resources.biodiscovery.com/white-papers