NANO TOOLs -​ Windows用シーケンスデータ解析ツール

Long sequence readを解析

NanoToolsはオックスフォードナノポアから出力されたシーケンスデータの解析をWindows10(ver1903以降)上で行うツールです。 リファレンスマッピング、De Novo assemble、構造変異解析の機能を備えています。

Nano Tools 2.0には以下の4つの機能が組み込まれています。

  • Fast5 Fastq Convert*

  • Reference Mapping

  • De Novo assembly

  • Structure Variant Analysis

 

操作は全てGUI上で行うことができマウスによる操作のみで完結するため

コマンドラインによる作業は発生しません。

Fast5 Fastq Converter

Fast5ファイルのFastqへの変換およびBarcode分割にはOxford nanopore社の
コミュニティサイトからguppy_barcoder.exeを取得して設置する必要があります。
当ソフトウェアはguppy_basecaller_1d2.exeには対応していません。

Reference Mapping

Nano Tools 2.0のReference Mappingは長鎖シーケンスリードのAlignerとして実績のあるminimap2により行われます。

mapping_setting.png

マッピング結果はBAMおよびSAM形式ファイルとして出力され、ゲノムブラウザIGVが自動的に立ち上がりマッピングの状況が確認できます。

mapping.png
De Novo Assembly

Nano Tools 2.0のDe novo assemblyはminimap2によるPAFファイルの生成とRaconによるコンセンサス配列決定を繰り返し行うワークフローとして実装されています。最終的なContig配列は、Raconによるコンセンサス配列作成を繰り返してContig配列の更新がなくなった時点で決定されFastaファイルとして出力されます。

AssembleQuery.png
nanotoolslogo.png
製品カタログ
Nexus CNV パンフレット
​動作環境

ハードウエア:

CPU :  Core i7以上 

O  S :  Windows 10 64bit

メモリ:  16G 以上

HDD:       1TB 以上

ライセンス形態

PC 固定永久ライセンス

Structure Variant Analysis

Nano Tools 2.0を用いてゲノム構造変化(deletion, duplication, insertion, inversion, translocation, inverted duplication, inversion flanked by deletions)を検出することができます。 この機能はゲノム構造変化(SV)の存在を考慮したLong read alignerであるNGMLRによるマッピングとSV検出に特化したSVIMにより実装されています。​​

SV.png

​構造変化の解析結果はVCF形式ファイルとSVの検出されたゲノム領域を示すBEDファイルで出力されます。BAMファイルも生成されるためゲノムブラウザ上でイベントの検出された領域のマッピング状況を確かめることができます。

SV_Event.png

ユーザーマニュアル

​インストール等についての詳細はリソースページをご覧ください。

 

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デモ版を提供しています。

​フォームに記入の上ダウンロードしてください。

 Nanotools.Zip (512 MB)

  ・プログラムファイル

​マニュアル等についてはリソースをご覧ください。

デモ版ダウンロード

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