概要と特徴
WHMetagenome@KINはイルミナシーケンサより得られるショットガンシーケンスデータから菌叢解析を行うWindowsツールです。
・インストーラーからPCへインストールし、ドラッグ&ドロップ操作で解析実行します。必要な情報はすべてローカルにインストールされインターネットへの参照はありません。
・シーケンスデータ（Fastq）を元に解析実行し、結果をhtml形式のファイルへ保存します。
・解析結果htmlはフォルダごとコピーを行えばどこでもブラウザで表示できます。
・サンプルはグループを指定可能で3グループ以上の場合はPCoA/nMDS解析を行うことが可能です。（1グループに1サンプルを指定すると3サンプル(Fastq)で可能）
・解析結果は距離を反映した画像が作成され、htmlに集約・保存されます。（Pythonモジュールを利用し描画）
解析に利用しているツールとそのライセンス定義
（１）Fastq QCを行うTrimmomatic（https://github.com/usadellab/Trimmomatic）にてトリミングとフィルタリングを実行
（２）メタゲノムのリードから系統アサインメントツールCentrifuge(http://www.ccb.jhu.edu/software/centrifuge/)を実行
（３）描画htmlを作成するreCentrifuge（https://github.com/khyox/recentrifuge）にて解析結果がビジュアライズ
ライセンス
Trimmomatic
https://github.com/usadellab/Trimmomatic
GPL-3.0 license
Centrifuge
https://github.com/DaehwanKimLab/centrifuge
GPL-3.0 license
reCentrifuge
https://sites.google.com/view/recentrifuge
GNU Affero General Public License
GNU Affero General Public License
推奨環境
CPU Coreiシリーズ (8世代以降)
メモリ 16GB
ストレージ インストール時5GB
解析のFastqサイズ x3倍（途中経過に必要になります）
※ Centrifuge 追加データ領域は別途必要