Software to Accelerate Your Path to Discovery

シーケンスジェネレーターでは、リンカーシーケンスがシーケンスのバッチインポートに対応しました。

Structure Editor【WeView】のアップデート

■　小型画面向けに最適化された表示 

■　最適化されたSiteView、インターフェース解析およびその他の機能 

■　いくつかの既知の問題を解決しました シーケンスエディター[WeSeq] 

■　最適化されたinteraction details 

■　抗体番号付けの追加 Martin スキーム 

■　Humanization variant RMSD tableは、構造的安定性(表現性)の評価を支援するためにpLDDTおよびpTMカラムを追加しました。

複数のモジュールに小規模な最適化が施され、既知の問題やバグが解決されました。

■　構造予測モジュール[Structure Prediction (Chai-1)]、次元不一致問題の修正、構造予測中のPDBフォーマットリガンド名の誤り修正による表示異常 

■　タンパク質設計モジュール[Protein Design (RFDiffusion3)]、低分子結合剤設計の調整、新モードの追加、元のバインダーモードから低分子の除去、受容体パラメータの最適化、鎖名の指定により、その鎖からすべてのアミノ酸および核酸残基を抽出可能(水、金属イオンなどのフィルタリング)。 

■　ペプチドSMILES生成モジュール[Peptide SMILES Generation]は、生成モードでジスルフィド結合を含む環状ペプチドにCysが欠けていたバグを修正し、プロパティモードはfastaファイルサポートを追加しました 

■　フォーマット変換モジュール[CIF2PDB]、バッチ変換用の圧縮パッケージアップロードをサポートし、パラメータ変更なし 

■　突然変異エネルギー予測モジュール【Mutation Energy of Stability (Pythia) / (Pythia-PPI)】、*fmt.csv出力でWT残基エネルギー値が空(0ではない)となるバグが修正され、コンセンサス計算時に無視され、誤ったコンセンサス計算が起きる 

■　最適化された免疫原性予測モジュール[Immunogenicity Prediction (WeADApt v4.3)]、同時処理効率の向上、異常なExcelデータエクスポートによるバグ修正 

■　構造ベースの進化突然変異設計モジュール[Structure Evolution (ESMIF)]、Biopythonライブラリのバージョン変更によるインポート問題を修正 

■　タンパク質-タンパク質結合エネルギー計算モジュール[PPI Binding Energy (Graphomer)]を更新し、CIF形式のサポートを追加、複数の圧縮フォーマットのサポートを追加しました 

■　タンパク質言語モデルモジュール[AA Probability Prediction]、ナノボディモードでのgoogle.protobufバージョンの問題を修正

構造予測モジュール[Structure Prediction (Boltz-2)]、最適化されたレポートページ、環化のための--サイクルパラメータ(環状ペプチド構造予測)をサポートし、いくつかのバグを修正

抗体番号付けモジュール[Antibody Numbering v2]を更新し、「Martin」を可変領域(Fv)モード番号付けルールに追加しました。 

これはAndrew Martinが抗体V領域番号付けのために開発したシステムで、「Enhanced Chothia」スキームとも呼ばれ、Chothiaの番号付けシステムを改良しており、主にChothiaの挿入部位定義が、より長いまたは非標準的なCDR(補完性決定領域)配列を扱う際に柔軟性が欠けていたり一貫性に欠けていた問題に対処しています。 マーティンのCDR-H1範囲(26-35)は、カバット(31-35)に比べて構造ループ領域が多く、IMGTよりも大きいことが特徴です。

タンパク質プロトン化関数を[Protein Protonation v2]に更新し、構造ベースのpKaおよびpI値のバッチ計算をサポートします。

構造結合関数[Join Structure]を追加し、構造Aの指定された鎖のC端と構造Bの特定の鎖のN端を結合して新しい構造を形成します。

ナノボディQCワークフロー[Nanobody QC v1.0]、[抗体QC]のVHHバージョンを追加し、ナノボディの包括的な薬剤適性druggability評価を可能にしました

抗体親和性成熟ワークフローを[Antibody Virtual Affinity Maturation v3.3]に更新し、このワークフローの使いやすさを大幅に向上させました 

■　各モジュールから推奨変異のフィルタリングを最適化し、WTより優れた上位の変異のみを保持しました 

■　現在はすべての変異を集約し、包括的にランク付けし、CDR、界面、溶媒のアクセス可能な表面積などの指標を出力して参照しています 

■　相互作用インターフェースに推奨される多様な変異サブセットを追加し、テストのために優先的に扱うことができます

ヒト化関連のワークフローを新バージョンに更新しました(抗体/ナノボディヒート化v4.5、抗体/ナノボディヒート化HTS v1.5を含む) 

■　抗体の軽・重鎖界面におけるバックミューテーションのスコアリング機構を最適化しました 

■　 カスタムJ領域(FR4)配列のサポート、自動J領域選択時のIGHJ3優先度の低下(PTMおよび集団頻度の考慮に基づく) 

■　いくつかの既知のバグを修正しました

Boltzgenベースのハイスループットスクリーニングモジュール[Binder Design (BoltzGen) HTS]を追加し、サンプリング数を1000から10000に増加させ、スクリーニング後の分子品質と成功率を向上させ、並列計算による計算速度を大幅に向上させました。

タンパク質/抗体de novo結合剤設計モジュール[Binder Design (BoltzGen)] はバージョン0.2.0に更新され、異なるバッチ間の統合やフィルタリング時に参照用に結果を出力する2つの新しい指標「absolute_score」と「structure_confidence」が追加され、既知のバグ修正も行いました。

構造予測モデル[Structure Prediction (Protenix)] はバージョン1.0に更新され、構造予測の精度がさらに向上(報告によるとAF3を上回っている) 推論時間の最適化が実現しました。 バッチ処理モードとpAE/ipAEを含む出力メトリクスの追加

抗体多重反応性予測モジュール[Antibody Polyreactivity Prediction (PolyXpert)]を追加し、PolyXpertモデルに基づく抗体多反応性の予測を行います

WeComput社が語る AIによる抗体・タンパク質設計／低分子創薬プラットフォーム 

■　Session 1：Antibody & Protein Design / Function Prediction （抗体＆タンパク質設計と機能予測） 

Presenter（WeComput）：Dr. Wang Yu（王宇） / Dr. Qu Liang（瞿良） 

■　Session 2：Small Molecule Design & WeFEP （低分子設計と自由エネルギー計算 WeFEP） 

Presenter（WeComput）：Dr. Yan Xin（严鑫）

インポート/エクスポートによりCASフォーマットのサポートが追加されました。

• PTM解析と番号付けを実行した後、チェーンプロパティ表には対応するCDRおよびPTM情報が閲覧できます。

• Editメニューにより、ポジション番号付け(Copy -> Selected Positions)機能が追加されました。

• Editメニュー バッチミューテーション(Batch Mutate)は、組合せ的突然変異列挙(Combo Enumration)機能を追加し、飽和変異機能の最適化を図りました。 

• ドラッグ&ドロップシーケンスグループ化の性能最適化を行いました。 

• ヒューマニゼーション、免疫原性、品質管理などのパネルには、ジョブセンターからの過去の結果を読み込むためのボタンが追加されました。 

• 核酸配列比較をサポートしました。 

• チェーンIDのセットボタンを削除しました(チェーン名をダブルクリックするか、メニューを右クリックすることで実現可能)。 

• 抗体番号付け後の連鎖特性表に種情報を追加しました。

インターフェース解析により、構造の選択や同時解析のための多選択機能が追加されました。 

• マウスをホバーすると、原子番号、原子座標、残留物を右下に表示する機能が追加されました。

• pdb/sdfを統合した後の最適化されたチェーンネーム割り当て。 

• いくつかの既知の問題は解決しました

• 酵素運動パラメータ予測モジュール[Enzyme Kinetic Prediction]。 

• 構造予測機能[Template-guided Structure Prediction]。

• プロテインバインダー de novo設計モジュール [Protein Binder Design (BindCraft)]。 

• NGS抗体配列解析モジュール[NGS Analysis]。 CSVデータマージモジュール[CSV Merge]。 

• Fvシーケンス抽出モジュール[Extract Fv Sequence]、nonfv.fasta出力を追加。 

• 最適化された環状ペプチド複合体構造予測モジュール[Cyclic Peptide Complex Structure Prediction]。 

• 分子ドッキングモジュール[Molecular Docking (DiffDock)]。 

• 特許列BLASTモジュール[Patent Blast]、緩和された探索条件。

• 最適化された抗体番号付けモジュール[Antibody Numbering v2]、非Fv領域配列出力の追加、抗体番号付けルールをサポートするパラメータの追加。 

• PPI結合エネルギー予測モジュール[PPI Binding Energy & Contacts]は、圧縮入力ファイルに複数のネストされたディレクトリがある場合、すべての可能なPDBまたはCIFファイルを抽出します。

• 最適化されたPDBミューテーションモジュール[PDB Mutation]、UID番号付けモードは挿入コードをサポートしています。

• ワークフロー[Antibody-Antigen Molecular Dynamics Simulation & MMPBSA v2.1]は[Antibody-Antigen MD Simulation & MMPBSA v2.1]に改名されました。 

• モジュール[Small Molecule Minimization]は[Structure Minimization (Small)]に改名されました。 

• モジュール[Structure Minimization]は[Structure Minimization (Protein)]に改名されました

ペプチドSMILES生成モジュール[Peptide SMILES Generation]を追加しました。

• ペプチドアミノ酸名からSMILESを生成

• 非天然アミノ酸および様々な環状ペプチドをサポート

最適化された構造予測機能[Structure Prediction(Boltz-2)]がアップデートされました。

• PDBテンプレート構造にヘッダー情報が欠けた場合(SEQRES)で誤差が固定されます。

• バッチモードでテンプレートのサポートが追加され、PAE関連の指標出力も追加されました。

• クラウド版は動的計算に適応しました(現在は数量に依存します)。

フォーマット変換ツールは極性水素/すべての水素の追加をサポートするアップデートを実施しました。

タンパク質や核酸の構造アラインメント、単量体または異種オリゴマーの支持に利用可能な構造比較ツール[Structure Comparison (US-align)]を追加しました。

最適化された構造予測モジュール[Structure Prediction (Chai-1)]にMSA使用制御オプションが追加されました。

構造予測[Structure Prediction(Protenix v0.7.0)] はv0.7にアップグレードされました。

• 計算速度が加速され、Miniモデルオプションが追加されました。

免疫原性予測が[Immunogenicity Prediction (WeADApt v4.3)]にアップグレードされました。

• 複数のモダリティに対する予測精度と一般化能力が向上し、クラウドコンピューティングの消費量(現在は数量依存)を削減しました。

抗体ヒト化設計ワークフローおよび関連モジュールの最適化を実施しました。

• カスタムFR4(J領域)テンプレート配列の機能追加

• 特定症例向けの逆転変異スコアの改善

• 複数の既知の問題の解決の実施

タンパク質設計機能の追加[Protein Design(RFDiffusion3)]は、拡散ベースのタンパク質構造生成モデルです。

• タンパク質、核酸、小分子に結合するタンパク質を設計し、特に新規酵素設計やスキャフォールド設計に適しています。

汎用全原子生成モデルに基づくバインダー設計モジュール[Binder Design(BoltzGen)]が追加されました。

• 高親和性(ナノ)抗体、タンパク質、ペプチドおよびその他の分子の新規設計や成功率が高いことが特徴。