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WeComput社が語る AIによる抗体・タンパク質設計／低分子創薬プラットフォーム 

■　Session 1：Antibody & Protein Design / Function Prediction （抗体＆タンパク質設計と機能予測） 

Presenter（WeComput）：Dr. Wang Yu（王宇） / Dr. Qu Liang（瞿良） 

■　Session 2：Small Molecule Design & WeFEP （低分子設計と自由エネルギー計算 WeFEP） 

Presenter（WeComput）：Dr. Yan Xin（严鑫）

インポート/エクスポートによりCASフォーマットのサポートが追加されました。

• PTM解析と番号付けを実行した後、チェーンプロパティ表には対応するCDRおよびPTM情報が閲覧できます。

• Editメニューにより、ポジション番号付け(Copy -> Selected Positions)機能が追加されました。

• Editメニュー バッチミューテーション(Batch Mutate)は、組合せ的突然変異列挙(Combo Enumration)機能を追加し、飽和変異機能の最適化を図りました。 

• ドラッグ&ドロップシーケンスグループ化の性能最適化を行いました。 

• ヒューマニゼーション、免疫原性、品質管理などのパネルには、ジョブセンターからの過去の結果を読み込むためのボタンが追加されました。 

• 核酸配列比較をサポートしました。 

• チェーンIDのセットボタンを削除しました(チェーン名をダブルクリックするか、メニューを右クリックすることで実現可能)。 

• 抗体番号付け後の連鎖特性表に種情報を追加しました。

インターフェース解析により、構造の選択や同時解析のための多選択機能が追加されました。 

• マウスをホバーすると、原子番号、原子座標、残留物を右下に表示する機能が追加されました。

• pdb/sdfを統合した後の最適化されたチェーンネーム割り当て。 

• いくつかの既知の問題は解決しました

• 酵素運動パラメータ予測モジュール[Enzyme Kinetic Prediction]。 

• 構造予測機能[Template-guided Structure Prediction]。

• プロテインバインダー de novo設計モジュール [Protein Binder Design (BindCraft)]。 

• NGS抗体配列解析モジュール[NGS Analysis]。 CSVデータマージモジュール[CSV Merge]。 

• Fvシーケンス抽出モジュール[Extract Fv Sequence]、nonfv.fasta出力を追加。 

• 最適化された環状ペプチド複合体構造予測モジュール[Cyclic Peptide Complex Structure Prediction]。 

• 分子ドッキングモジュール[Molecular Docking (DiffDock)]。 

• 特許列BLASTモジュール[Patent Blast]、緩和された探索条件。

• 最適化された抗体番号付けモジュール[Antibody Numbering v2]、非Fv領域配列出力の追加、抗体番号付けルールをサポートするパラメータの追加。 

• PPI結合エネルギー予測モジュール[PPI Binding Energy & Contacts]は、圧縮入力ファイルに複数のネストされたディレクトリがある場合、すべての可能なPDBまたはCIFファイルを抽出します。

• 最適化されたPDBミューテーションモジュール[PDB Mutation]、UID番号付けモードは挿入コードをサポートしています。

• ワークフロー[Antibody-Antigen Molecular Dynamics Simulation & MMPBSA v2.1]は[Antibody-Antigen MD Simulation & MMPBSA v2.1]に改名されました。 

• モジュール[Small Molecule Minimization]は[Structure Minimization (Small)]に改名されました。 

• モジュール[Structure Minimization]は[Structure Minimization (Protein)]に改名されました

ペプチドSMILES生成モジュール[Peptide SMILES Generation]を追加しました。

• ペプチドアミノ酸名からSMILESを生成

• 非天然アミノ酸および様々な環状ペプチドをサポート

最適化された構造予測機能[Structure Prediction(Boltz-2)]がアップデートされました。

• PDBテンプレート構造にヘッダー情報が欠けた場合(SEQRES)で誤差が固定されます。

• バッチモードでテンプレートのサポートが追加され、PAE関連の指標出力も追加されました。

• クラウド版は動的計算に適応しました(現在は数量に依存します)。

フォーマット変換ツールは極性水素/すべての水素の追加をサポートするアップデートを実施しました。

タンパク質や核酸の構造アラインメント、単量体または異種オリゴマーの支持に利用可能な構造比較ツール[Structure Comparison (US-align)]を追加しました。

最適化された構造予測モジュール[Structure Prediction (Chai-1)]にMSA使用制御オプションが追加されました。

構造予測[Structure Prediction(Protenix v0.7.0)] はv0.7にアップグレードされました。

• 計算速度が加速され、Miniモデルオプションが追加されました。

免疫原性予測が[Immunogenicity Prediction (WeADApt v4.3)]にアップグレードされました。

• 複数のモダリティに対する予測精度と一般化能力が向上し、クラウドコンピューティングの消費量(現在は数量依存)を削減しました。

抗体ヒト化設計ワークフローおよび関連モジュールの最適化を実施しました。

• カスタムFR4(J領域)テンプレート配列の機能追加

• 特定症例向けの逆転変異スコアの改善

• 複数の既知の問題の解決の実施

タンパク質設計機能の追加[Protein Design(RFDiffusion3)]は、拡散ベースのタンパク質構造生成モデルです。

• タンパク質、核酸、小分子に結合するタンパク質を設計し、特に新規酵素設計やスキャフォールド設計に適しています。

汎用全原子生成モデルに基づくバインダー設計モジュール[Binder Design(BoltzGen)]が追加されました。

• 高親和性(ナノ)抗体、タンパク質、ペプチドおよびその他の分子の新規設計や成功率が高いことが特徴。