Home   > >   製品情報   > >   ソフトウェア&データベース   > >   Metagenome@KIN
ソフトウェア&データベース
LSKB
Chemotargets CLARITY
OFF-X
MetaGenome@KIN
Metatranscriptome@KIN
FluGAS
OMIXON HLA Typing
CLC Genomics Workbench/Server
NEXUS CNV
NEXUS TCGA Premier
ADPKD Target

Metagenome@KIN
メタゲノム解析パッケージ


    

16S rRNA・ITS Metagenome Analysis
BLAST/RDP Classifierの実行結果から
Taxonomy ID付加、集計、統計処理をパッケージ化

Metagenome@KINは次世代シーケンスデータを利用した16S rRNAゲノム解析ツールです。
リード配列のBLASTまたは RDP MultiClassifier実行後のデータを弊社のソフトにドラッグ&ドロップ
するだけで菌種のグルーピングおよび階層分類を実行できるツールです。
さらに、分類された結果を各種統計表示機能で比較することが可能です。

  • BLASTまたはRDP Classifier実行結果から階層毎にTaxonomy ID 付与したリスト作成
  • バクテリアおよび真菌のメタゲノム解析を実行
  • BLAST結果の配列のミスマッチ塩基数、ギャップ塩基数に基づくフィルタリングはご自分で設定可能
  • パッケージ購入者へはBLAST用処理ツールとRDP Classifier実行ツールを無償で提供
  • RDP Classifierの実行結果のConfidence Valueのフィルタリング可能
  • Taxonomy データベースルールに基づいた階層分類
  • ドーナツグラフ、円グラフ、棒グラフの自動生成
  • 階層毎の円グラフにおける分類集計
  • 階層毎の棒グラフによる分類集計
  • 階層毎の各サンプルのリード数集計
  • 統計処理機能- SOM, PCA, 階層型クラスタリング
  • 解析は一般研究者でも利用できる簡単画面で操作
  • 16S rRNAデータベース提供


解析の流れ


シーケンスデータ

当ソフトウエアで検証されているシーケンスデータは ライフテクノロジーズ社 Ion PGM、イルミナ社MiSeq からのFastqファイルからのデータとなります。

事前処理

各種高速シーケンサーから出力されたリードは事前にクオリティチェックおよびプライマー配列、アダプター配列、Tag配列除去を実行します。

BLAST/RDP MultiClassifierの実施

16SrRNAデータベースを提供、BLAST 実行画面より条件設定を行い実行。 RDP MultiClassifierによる分類を行う場合は、弊社よりBlastプログラムとともに無償ツールをご提供しています。

階層分類実施

BLAST結果ファイルもしくはRDP MultiClassifierの実行結果ファイルを解析画面にドラッグ&ドロップすることでNCBI Taxonomy ID付与とリスト化Taxonomy データベースルールに基づいた階層分類によるサンプル毎の円グラフ、ドーナッツグラフ、棒グラフの自動生成

各階層におけるサンプル間比較

複数サンプルを同時に解析すると円グラフや棒グラフでサンプル間比較可能、比較は階層毎に表示可能

統計処理

複数サンプルの結果データをツールで分析すると主成分分析 (PCA) 、自己組織化マップ (SOM)、クラスタリング自動解析が可能

提供データベース

16S rRNAを定期的にアップデートし提供いたします。 その他独自データベースや、絞り込まれた菌群の16Sデータセットご希望の方は別途ご相談をお受けしております。
真菌データなど解析されたい方はお問い合わせください。