インストールと初期画面
・インストーラーが準備されています。Setup.exeをクリックすることでインストールが開始されます。
・インストール後に起動すると右のような初期画面が表示されます。
解析手順
１から４の手順で解析を実行してください。
1. Select TargetでCentrifugeに使用するIndexDataを選択する。
2. add sequence(ボタン)でSample/Group definition画面が表示されるので、fastqとGroupの設定を行う。
3. (3グループ以上なら) Create Plotsボタンで表示されるanalysis settingで距離計算を行うメソッドを指定する。
4. Analysis（ボタン）で解析開始する。
（１）Select TargetでCentrifugeに使用するIndexDataを選択する
インデックスはCentrifugeサイトより提供されている
【P_compressed 12/06/2016 Bacteria, Archaea, Viruses, Human】が含まれています。
またインストール後に対象データを増やすことが可能です。
（2-1）add sequence(ボタン)でfastqとGroupの設定を行う
add sequenceボタンをクリックするとグループ名とグループの色の指定、サンプルファイルを指定するウインドウが表示されます。
サンプルファイル（fasrtqファイル）はウインドウ内のテキストエリアへドラッグ＆ドロップで指定することが可能です。
（2-2）サンプルファイルとグループ名の設定
・add sequence(ボタン)をクリックすると、サンプルファイルとグループ名の設定画面が表示されます。
・複数サンプル（Fastqファイル）を1グループととして指定します。サンプルとファイルが1対1の場合は1グループのみで解析を実行します。
・3グループ以上指定された場合、PCoA/nMDS解析結果プロットに表示されるグループには色の指定が可能です。
・グループに指定された色は、当該グループにとしたサンプル（Fastq）の色として反映されます。
（2-3）グループにFastqファイルを割り当てる
グループを選択し、Fastqファイルをグループに割り当ててください。
・直接Fastqファイルをドラッグ＆ドロップして登録
起動時の解析画面中央にあるテキス トエリアへ直接ファイルをドラッグ＆ドロップします。ドラッグ＆ドロップするとグループ名とグループ色を指定するウインドウが表示されます。
・［add sequence］ボタンから登録
［add sequence］ボタンをクリックするとグループ名とグループの色の指定、サンプルファイルを指定するウインドウが表示されます。
サンプルファイル（fasrtqファイル）はウインドウ内のテキストエリアへドラッグ＆ドロップで指定することが可能です。
（３）Create Plotsボタンで表示されるanalysis settingで距離計算を行うメソッドを指定する
サンプルグループを3つ以上指定した場合、PCoA/nMDS解析が可能となります。
・PCoAとnMDSの設定
それぞれの距離計算を行うメソッドを指定します。
・PERMANOVAの設定
並べ替えシミュレーションの回数を指定します。
※ [Disenable]ボタンを押下すると解析を実行しません。
（４）Analysis（ボタン）で解析開始する
解析に必要な情報が指定されると有効になります。ボタンをクリックすると解析結果を保存するフォルダを指定するウインドウが表示され、フォルダが選択されると解析が実行されます。
解析状況は「ログ表示エリア」に解析途中の内容やエラーメッセージなどが表示されます。
