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CLC Genomics Workbench/Server
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CLC Genomics Workbench
CLC Genomics Server, 他


高速シーケンスデータ解析ツール        

製品コンサルティングおよびインテグレーターとして、CLC bio 製品をサポートしています。

ソフトウエアおよびツール

製品名
製品紹介

CLC Genomics Workbench
ジェノミクスワークベンチ

デスクトップ版ソフトウエア。様々なシーケンサーからのデータのアッセンブル、マッピングに対応。de novo、reference mapping, miRNA解析、 変異同定、RNA-seq, ChIP-seq解析などに対応。最新のバージョンではワークフローツールが付属し、 煩雑であった解析処理の工程をスムーズに行えます。(一部ワークフロー不可能な工程有り)。 また、日々バージョンアップされるGenomics Gatewayビューワーは複数サンプルのマッピング結果とリファレンス結果を並べて表示、 解析することも可能。
また、多種多様なプラグイン(一部有料)は解析をバックアップ。

CLC Genomics Server
ジェノミクスサーバー

大量のデータ処理、複数のプロジェクト、データの共有化を行う場合に最適化されているサーバー型ソフトウエア。ユーザー管理、 グループ管理、データの保存領域の設定、アクセスログ管理などの管理機能が充実 CLC Genomics Workbenchから操作可能です。 さらに、コマンドラインツールやExternal toolによるフリーツールの組み込みなども可能。

CLC Assembly Cell
アッセンブリ セル

De novo アッセンブルやマッピングおよびSNP/DIPディテクションをコマンドで処理したい方に最適のコマンドラインパッケージ。 ルーチンで行うデータ処理や、様々なパラメータで解析および分析を行いたい場合に最適。詳細のコマンドはCLCbioサポートページ、 マニュアル/ドキュメント一覧からダウンロードください。

Biomedical Genomics Workbench

バイオメディカルゲノミクスワークベンチには、癌や遺伝性疾患のNGSデータ解析に特化し、変異解析に必要な機能を組み合わせた ワークフローが用意されており、より早くデータ入力から解析まで行うことを可能にしました。CLC製品の特長である多彩なビューワーが 解析をサポートします。特異的疾患に関連するアンプリコンシーケンスなど定期的にデータ解析を行う方には最適なソフトウエアです。
詳細についてはお問い合わせください。

CLC MLST Module
(有料プラグイン)

バクテリア、酵母などについてDNA配列に基づいた細菌の株タイピングです。 MLST(Multi Locus Sequencing Typing)解析を行うプラグインモジュールです。 Housekeeping gene等の遺伝子セットが既に用意されており、アセンブルや配列のト リミングなどの従来手作業だった各ステップが自動化されています。 簡便かつ短時間での細菌の株タイピングが可能となります。

Blast2GO
(有料プラグイン)

塩基配列からBLASTによってGOアノテーションを行うことが可能なツールとして近年注目されている "Blast2GO"が、CLCbio Genomics Workbenchの有償プラグインとしてリリース。 CLC Genomics WorkbenchのGUIを介してローカルPC上でBlast2GOが実行可能になり大変解析しやすくなりました。

CLC Genome Finishing Module
(有料プラグイン)

微生物ゲノムまたはそれと同程度のサイズの全ゲノム決定の為の支援ツールとして設計されています。 このモジュールは、コンティングの整理や、アセンブリに問題がある部分の検証を実施することができ、 ゲノムのFinishing工程を自動的に進めることが可能です。

CLC Microbial Genomics Module
(有料プラグイン)

OTUクラスタリングをベースとした微生物メタゲノム解析を行うプラグインです。
自身のデータをOTUクラスタリングし、各クラスタの菌叢の多様性を確認します。
一般的な16S rRNAメタゲノム解析の他にMLSTが含まれ、微生物のタイピンぐから免疫学的解析も可能となっています。
詳細についてはお問い合わせください。

MetaGene Mark
(有料プラグイン)

MetaGeneMarkは多数のメタゲノムシーケンスデータを対象に遺伝子とタンパクコード領域を正確に予測する有償のプラグインです。

Network license
ネットワークライセンス

CLC Genomics Workbenchを複数で利用したい、でも実際に起動するのは数台でよい。といったニーズにお応えするライセンス形態。 ネットワークライセンスの場合、GWBのインストールは無制限。但し、ライセンス数により同時アクセス数が制限される。 CLC Genomics Serverとのセット利用でより便利に。






CLC Genomics Workbench の主な機能

● de-novoアッセンブルおよびマッピングツール搭載
● リファレンス配列・アノテーション情報はソフトウェア上でNCBIからそのままダウンロードして
  インポート可能
● イルミナ社、ライフテクノロジーズ社、それぞれの高速シーケンスデータフォーマットに対応
● 従来型シーケンスデータ、FASTA、テキスト フォーマットに対応
● マッピング済みデータ(BAM,SAM)フォーマットのインポート可能
● 各種シーケンスデータをまとめて解析可能 (ハイブリッドアッセンブル対応)
● GFF/GTF形式でユーザー独自のアノテーションが参照配列に追加可能、dbSNP登録変異情報の
  参照やマッピング領域の指定(ex:エキソン領域・アンプリコン標的遺伝子等)が可能
● アライメントやマッピングビューワーのイメージは保存し利用可能
● ワークフローを作成することで複数の工程を必要とする解析を手軽に連続して実行可能
● RNA-seq解析結果は正規化・群間統計解析まで出力
● ORFサーチや、Blast機能付属
● 大量の解析処理に対応するコマンドを利用可能なサーバーバージョン Genomics Serverをご用意
● 充実したレポート機能
● QCツール搭載で、リードのフィルタリングとトリミングおよび各種設定が可能
● 無料および有料プラグインを多数ご提供



対応解析アプリケーション

●De novo アッセンブル
●リファレンスマッピング
●Degital Gene Expression
 (RNA-Seq 解析)
●ChIP-seq解析
●SNP検出
●ゲノム変異同定、など>

対応データフォーマット

● Roche: fasta (.fna)、.sff、quality (.qual)
● Illumina: fastq、qseq (クオリティパスしていないRead含む)
● SOLiD:csfasta、qual、fastq
● Ion Torrent: .sff
● Fasta、abi、ab、ab1
● SAM/BAM(Sequence Alignment/Mapping)
NGSデータは、Paired-end / Mate-pair 対応
gzip圧縮フォーマット一部対応


DNA/RNA配列解析

● プライマーデザイン
● アセンブリ/アライメント機能
● クローニング機能
● Local complexity region 解析
● アミノ酸翻訳
● 制限酵素解析と管理
● Dot plot
● 二次構造予測、エネルギー分布、テーブル形式表示

      

タンパク質配列解析

● 3D 分子表示機能
● 膜貫通へリックス予測
● 抗原性、二次タンパク質構造予測
● シグナルペプチドとそれらの切断部位のウェブベース予測(http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/にある SignalP)
● 疎水性解析、電荷解析とグラフ表示


データベース検索

● ローカル BLAST データベースの作成
● BLAST検索(NCBI,ローカル)
● GenBank Entrez 検索
● UniProt 検索(SwissProt / TrEMBL)


遺伝子発現解析機能

● マイクロアレイとシーケンス(RNA-Seq)両方に基づいた発現データのサポート
● インタラクティブなヒートマップ、表、およびプロット表示
● 変換と正規化ツール
● 主成分解析、MA プロット、
● ボックスプロットを含む品質管理ツール
● 2群または多群間での比較
● t-test, ANOVA,多重比較(ボンフェローニ法や FDR)によって調整されたp値の計算、階層型、非階層型統計(K-mean)搭載
● NetAffx からのアノテーションのインポート、アノテーション付加機能


Blast2GO プラグイン機能

● 塩基配列からBLASTによってGOアノテーションを行うことが可能な、CLC Genomics Workbenchの有償プラグインツール
● 塩基配列のblast結果にGene Ontology、InterPro、EC Number等のアノテーションを付加(blastはCLC Genomics Workbenchの機能で実行)
● Gene Ontology termの階層グラフにBlast結果のGOアノテーションの集積度合いを重ねた"Conbined Graph"や、GOアノテーション比率のPie Chartを表示
● 各種統計解析結果をグラフ表示
● Blast2GOのデータ(プロジェクト)との間で、ファイルをインポート/エクスポート可能

 


CLC Genome Finishing Module プラグイン機能

● コンティグの参照配列へのマッピング、またはコンティグ同士のマッピング機能
● 誤ってコンティグがマップされたペアエンドリード情報を抽出
● コンティグの順序の確認、修正機能
● コンティグのカバレージが低い領域やアライメントが誤っている可能性がある領域、 さらにはリシーケンスが必要な箇所へのフラグ付加機能
● アンプリコン領域やフラグ部位のプライマーの一括設計機能
● コンティグの延長機能
● 選択領域の再アッセンブル機能
● 多すぎるリードを減らして解析を簡略化する機能

MetaGene Mark(有料プラグイン)

MetaGeneMarkは多数のメタゲノムシーケンスデータを対象に遺伝子とタンパクコード領域を正確に予測する有償のPlug inです。 一本のシーケンスに対して使用する場合はGeneMark.hmm prokaryotic algorithmによるタンパクコード領域の予測を行い、メタゲノムシーケンスデータに対して予測を行う場合はGeneMark.hmm with Heuristic modelsによるタンパクコード領域の予測を行います。

コード領域の予測結果はGenomics Workbench上でGeneとCDSとしてのアノテーションが入力配列に付与されます。 GWBにMetaGeneMarkを導入し、Workflowに組み込むことで入力された配列にMetaGene Markを適用後、付与されたCDSアノテーション領域の配列を切り出し、Proteinへ翻訳、さらにPfam domain searchによるタンパク質機能情報の付与までを一挙に行うといった使用方法が可能です。


CLC Genomics Server

大量データ処理、データの共有化、アクセスセキュリティを考慮したシステム構築を検討されている方々に最適なシステムです。計算処理ツールと解析ツールを分離することでより効率よくデータの解析が行えます。 Genomics Serverにはコマンドラインツールが付属しており、処理のスクリプトの組み込みが可能です。 さらに、外部アルゴリズムの組込みが可能で、これらアルゴリズムをGenomics Server/Workbenchから実行処理することも可能です。 Genomics Serverは、クライアントPCのGenomics workbenchからジョブ実行・データ操作が可能です。


解析ソリューションパッケージ

弊社では様々な用途に応じて最適のシステムをご提案いたします。
●個別研究室様向け
●解析センター様向け
●企業様向け
●バイオインフォマティシャン様向け
●GWAS研究者様向け など

デモ版ダウンロードはこちらから https://www.w-fusion.co.jp/J/req/pdu.php