Metatranscriptome@KIN -​メタトランスクリプトーム解析

RNAシーケンスデータから発現たんぱく質機能・パスウェイ・予測される代謝化合物を結果出力

培養困難な微生物が、土壌、深海などの極限環境、水や体内などで生存するメカニズムを知る手段として、 メタトランスクリプトーム解析と呼ばれる手法があり、現在創薬、医療、環境、エネルギー、食品分野での応用に注目されています。 これは微生物が生存環境に適応するために作られるタンパク質と代謝化合物に着目した分析法であり、 タンパク質の機能の解析とその代謝化合物を追跡する技術が必要となります。

弊社のMetatranscriptome@KINでは次世代シーケンサから出力されるRNAシーケンスデータを入力データとし、 NCBI COG databaseに基づくCOG functional categoryの頻度解析を通じて土壌・汚泥・糞便などの試料中に存在する転写産物をモニタリングし、 発現タンパク質の機能とそれらタンパク質が作用しているパスウェイ、予測される代謝化合物を結果として出力するソフトウエアです。

  • COGデータベースへのRAPSearch2(またはBlastX)を組み合わせた信頼性のあるRNA-seqメタトランスクリプトーム解析パイプライン

  • 機能カテゴリ頻度解析により環境サンプリング試料から複雑な生物学的知見を取得可能

  • 解析パイプラインで検出されたタンパク質の代謝化合物名を表示

  • 解析パイプラインが検出したタンパク質がかかわるパスウェイを出力可能

  • マウス操作のみで解析可能な簡単操作

  • 解析結果は棒グラフ・パイチャート・頻度テーブルの形式で自動出力、ZIP形式でダウンロード可能

  •  複数サンプルのバッチ処理に対応

  • タンパクシツの出現頻度はiPATH上で代謝シグナルパスウェイ表示可能

製品カタログ
​動作環境

ハードウエア:

CPU:Xeon 系(E5v3)以上、

Mem:32GB以上、

storage:2TB(HDD)以上

OS:CentOS(Linux)、

 

DB-storage 初期10GB+、APPsvr:Apache、Tomcat

ライセンス形態

PC 固定永久ライセンス

​提供データベース

NCBI COGデータベース。キュレートした代謝化合物情報

解析の流れ

 

シーケンスデータ

各種高速シーケンサーから出力されたRNA-Seqデータ対応。FastqまたはFastファイル形式でアップロード。gz形式の圧縮ファイル対応。

前処理実行

リードのクラスタリング実施、rRNAの除去、RAPSearchまたはBlastXの実施

メタトランスクリプトーム解析実施

RAPSearchまたはBLAST結果を解析画面にドラッグ&ドロップすることでサンプル毎の円グラフ、棒グラフの自動生成、COG情報、化合物情報、パスウェイ情報を結果として表示