Omixon HLA Typing -​ 次世代シーケンス向けHLA Typingキット、解析ソフト

Holotype HLA™

HLA Assay and Software by NGS

Holotype HLA キットは7個から11個のLocusを増幅するキットで、96サンプル用と24サンプル用が用意されています。
7-Locusの場合、7個のHLA Locus遺伝子の増幅産物はプールされ、1分子バーコードを付与されたひとつの シーケンスライブラリとなります。1 runあたりのサンプル数は4から120まで調節でき、一例として24サンプルの 調整にかかる時間は5時間以下です。
サンプルごとに各Locusを二つのアルゴリズムにより独立してタイピングすることで最も高い信頼性が得られます。

Omixon Holotype HLAはillumina Miseqを用いたNGS出力データからHLAタイピングを行う試薬と型判定ソフトウェアからなるパッケージです。 アッセイ手法はフィラデルフィア小児病院からライセンスされており、複数のHLA lociをカバーする包括的な遺伝子増幅と ライブラリ調製試薬を提供します。タイピング用のソフトウェアとしてOmixon HLA Twinが含まれます。 HLA Twinは2つの異なったHLAタイピングアルゴリズムにより独立した2回のバリデーションを行うことで高い精度と分解能を実現し、 繰り返しの試験を必要としません。


詳細と特徴

  • カバーされるシーケンス領域はHLA-A、B、C、DQB1、DQA1の全領域とHLA-DRB1、DPB1の一部

  • 2×250 bp illumina Pair-endシーケンスにより99.8%のアレルペアであいまいさの残らないタイピング結果を出力

  • Miseq 1 runあたり8から96サンプルまでスケールアップが可能

  • allele、Locus、Sample間でバランスの取れたカバレッジ

  • ターゲット領域の全長をおおう深く均一なカバレッジ

  • 独立した二つのアルゴリズムによるHLAタイピング

  • タイピング結果は自動出力

  • Double blind alpha studyでは型の分かっているサンプルの再解析で100%の一致を達成

 

​製品リスト

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Whole-Gene-and-Key-Region-Characerizatio
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製品カタログ
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​動作環境

ハードウエア:

CPU :  Core i7以上 (8Core以上)

O  S :  Windows 10、Linux 64bit

メモリ:  16G 以上 推奨

​キット利用時の作業の流れ
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OMIXON HLA TWIN

Omixon HLA TwinはOmixon Holotype HLA キットを利用時に特化したHLA型判定ソフトです。
Statistical Genotyping法とConsensus Genotyping法の二つのアルゴリズムを持ち、 database alignmentとde novo assembly techniqueという独立した二つの手法により型判定を2回行います。 Consensus Genotyping法は既知アレルの全長consensus配列を提供し、HLAデータベースが利用できない場合で もnull alleleやde novo alleleを第3~4領域で特定します。また、Statistical Genotyping法はすべてのLocusのConcordance checkを 行う手法です。この2種類の判定により正確にHLA型の判定を行います。Phase Ambiguityの解消はNGS技術を利用することにより 解消可能になります

  • 結果は”ASHI” NGS standardおよびOmixon独自の判定基準に従い評価され、HLA Twin Traffic Lights System (TLS)により結果判定をわかりやすく表示

  • 判定結果は、サンプルおよびLocusごとに、型判定の根拠となった信頼性 (リード長、クォリティ、ノイズ比、コンセンサスカバレッジ、およびアレル不均衡、phasing、など)について詳細な判定結果を表示

  • アレル間の増幅効率の違いをグラフィック上で確認可能

  • タイピング結果はNMDP standardまたはHML 0.9.7形式で出力

  • データベースはIMGTからのデータを利用

  • イルミナMiSeqのシーケンス終了後、すぐにデータ処理を自動で実行可能

Note:Omixon HLA TwinはHolotype HLA kitご購入時に無償でライセンス発行されます。

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