Omixon HLA Typing － 次世代シーケンス向けHLA Typingキット、解析ソフト
HLA 型判定ソフトウエア
OMIXON HLA Explore
Omixon HLA Exporeは既知のHLAアレル型を高速に判定するソフトウェアです。
次世代シーケンサにより読み取られたリードデータから、HLA遺伝子領域についてマッピング、HLAタイピングを実施し、IMGT HLAデータベースに登録されたHLA型のコールを実行します。
IlluminaやIon Torrentなどのショートリード, PacBioやOxford Nanoporeからのロングリードデータの解析に対応しています。
基本ソフトウェアは特定の領域のエクソンを増幅したアンプリコンシーケンスデータの解析に最適化されており、 特にイルミナ社製シーケンサから 産出されたペアエンドリードを用いた際に最良の結果が得られます。
全エクソーム解析のシーケンスデータや、その他のメーカー製のシーケンサから産生されたデータに対する解析機能も保持しています。
主な機能：
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SingleおよびPair-endのFastqファイルに対応
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Typingの結果をゲノムブラウザで表示、目視で再確認可能
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解析実行時に使用するリード数を設定可能
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4桁,6桁,8桁 のHLA typingに対応
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Exomeシーケンスデータのtyping可能 (Big Data モジュール）
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Rare alleleやHemizygous allele検出の際に警告表示
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HLAデータベースはIMGT HLA databaseを基準とし、定期的にアップデート可能
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Long deletion、Large Gapに対応
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判定結果はExcelファイル形式で出力可能
タイピングはサンプル横のAnalyzeボタンを押すだけで開始
判定結果の信頼性は信号機を模した表示方法で一目で判断可能
製品カタログ
動作環境
ハードウエア：
CPU : Core i７以上 （８Core以上）
O S : Windows 10、Linux 64bit
メモリ： 16G 以上 推奨
ライセンス形態
PC 固定年間ライセンス
サーバー型ライセンス有
ライセンス種類
HLA Explore 基本ライセンス
アンプリコン、ショートリードデータ用
Big Data モジュール
Exome、Wholeゲノムデータ用
Long Read モジュール
Nanopore、PacBio等ロングリードデータ用
結果は両方のアリルのHLA型を表示
HLA-A/DRB/HLA-Y/TAP2等の合計36 Locusを一度に解析可能
判定結果はExcelで出力できます。Locusごとにゲノムブラウザ上でアライメントされたリードを確認することもできます。
