Hardware

OS: Windows 10 Pro
CPU: Core i7
Memory: 16G byte
Disk: 1T byte

Long sequence readを解析

Nano Tools 2.0はオックスフォード・ナノポア(Oxford Nanopore)社製シーケンサから出力されたLong sequence readをWindows上での簡単操作で解析することを可能にします。

Nano Tools 2.0には以下の4つの機能が組み込まれています。

  • Fast5 Fastq Convert*
  • Reference Mapping
  • De Novo assembly
  • Structure Variant Analysis

操作は全てGUI上で行うことができマウスによる操作のみで完結するため
コマンドラインによる作業は発生しません。

*Fast5ファイルのFastqへの変換およびBarcode分割にはOxford nanopore社の
コミュニティサイトからguppy_barcoder.exeを取得して設置する必要があります。
当ソフトウェアはguppy_basecaller_1d2.exeには対応していません。

Reference Mapping

Nano Tools 2.0のReference Mappingは長鎖シーケンスリードのAlignerとして実績のあるminimap2により行われます。

マッピング結果はBAMおよびSAM形式ファイルとして出力され、ゲノムブラウザIGVが自動的に立ち上がりマッピングの状況が確認できます。

De Novo Assembly

Nano Tools 2.0のDe novo assemblyはminimap2によるPAFファイルの生成とRaconによるコンセンサス配列決定を繰り返し行うワークフローとして実装されています。最終的なContig配列は、Raconによるコンセンサス配列作成を繰り返してContig配列の更新がなくなった時点で決定されFastaファイルとして出力されます。

Structure Variant Analysis

Nano Tools 2.0を用いてゲノム構造変化(deletion, duplication, insertion, inversion, translocation, inverted duplication, inversion flanked by deletions)を検出することができます。 この機能はゲノム構造変化(SV)の存在を考慮したLong read alignerであるNGMLRによるマッピングとSV検出に特化したSVIMにより実装されています。

構造変化の解析結果はVCF形式ファイルとSVの検出されたゲノム領域を示すBEDファイルで出力されます。BAMファイルも生成されるためゲノムブラウザ上でイベントの検出された領域のマッピング状況を確かめることができます。