Software to Accelerate Your Path to Discovery

Q: FluGASが出力する分節ごとのゲノム配列の精度を上げるにはどのような方法がありますか。

A: ソフトウェアのパラメータ設定にある”CNS min variant frequency”及び”CNS min homozygous frequency”の設定を変更します。

Min Variant Frequencyに設定した頻度以上(allele read/coverage ratio)の変異のみがゲノム配列へ反映されます。挿入欠失はMin Homozygous Frequencyに設定した頻度以上の場合のみゲノム配列へ反映されます。両者の数値を1に近づけることでbase callの精度が低いシーケンスリードがゲノム配列の塩基パターンに影響することを回避できます。

 

Q:  参照配列はどのようにして設定しますか。
 

A: FluGASは参照配列をNCBI Influenza databaseから取得しています。使用する参照配列の配列長や3′-5’末端の塩基パターンを指定することも可能です。

“Use reference fasta”にfasta形式の分節遺伝子配列を設定することで、アライメント対象の参照配列に加えることが可能です。fasta形式ファイル内の配列名はGISAID形式に沿っている必要があります。

例）A/mallardduck/California/UCD705/2016|A/H3N8|(HA)@2016-08-02

 

Q: B型インフルエンザウイルスの判定基準配列を変更することはできますか。
 

A: B型インフルエンザの系統を判定する配列は参照配列の設定メニューから指定できます。

初期状態では、B/Victoria/2/87とB/Yamagata/16/88のHA分節配列が基準に使用されています。

 

Q:  FluGASはWindows 10 pro以外のOSでも動作しますか。

A: FluGASはWindows専用のソフトウェアです。Win8や7でも動作しますが、その場合はShort read sequenceの解析のみが可能です。Nanoporeを含むLong read sequenceの解析はWindows 10 proバージョンへの導入が必要です。

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Q: FluGASで実施したアライメント結果を描画することはできますか。

A: FluGAS上で参照配列へのアライメントの様子をゲノムブラウザで見ることはできません。解析実行時にサンプル名の付いたフォルダ内に作成される2nd_alignedフォルダ(/aligned/2nd_aligned)に分節毎の.bamファイルが出力されます。これとreferenceフォルダ(/aligned/2nd_aligned/reference)内にある分節毎の.fnaファイルをCLC GenomicsWorkbenchなどのソフトウェアに読み込ませることでアライメントの状況を可視化することができます。

 

Q: FluGASで決定したゲノム配列にNが入ります、解消方法はありますか。
 

A: FluGASでは検体のゲノム配列を作成する際に、検体に適した参照配列を参照配列長が長いものを優先する設定になっています。このためアライメント対象の参照配列に欠失を反映した配列が選択されず、Short read sequenceでは欠失が生じている検体で参照配列にアライメントされない領域が生じることがあります。この場合パラメータの”Select consensus Blast target”のBlast Top result Selectを”Score”や”Identical”に変更します。

この変更により参照配列へのアライメントが行われないためにGAACACTCAGTTTGAGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGGAGAATAGAAAATTTとなっていた未アライメント部分に正しいアライメントが行われ、GAACACTCAGTTTGAGGCTGTAGGAAGGGAATTTAATAACTTAGAGAGGAGAATAGAAAATTT へと補正されます。