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製品サポート
LSKB User Support
Metagenome@KIN User Support
CLC bio User Support
発表資料

リリース ノート

2016/9/6 LSKB v5.1.0    

1.PubMed Article Viewer
PubMed の文献の Title や Abstract に記載されているキーワードのハイライト表示、
キーワードから直接 LSKB の辞書を検索するといった読解支援機能を搭載した PubMed 文献
ビューワーを新設しました。

2.Publication List 用語解析機能
Publication List に表示されている文献に出現する用語を遺伝子、疾患、化合物、器官・組織、生物種の
カテゴリー別に、文献数によってランキング表示する機能を搭載しました。

3.Bookmark 機能
表示されている画面にコメントをつけて保存して、必要な時に読み出せる Bookmark 機能を追加しました。
まずは Gene Details 画面、Protein Feature 画面、Chemical Annotations 画面が Bookmark 対象になります。
Bookmark した画面は、メイン画面の「Bookmarks」タブから読み出せます。


2015/10/22 LSKB v5.0    

1.疾患の詳細情報を一新
疾患の詳細情報を一新して、疾患の概要、関連遺伝子や変異情報、治療標的たんぱく質や化合物情報までを 一画面に集約して表示できるようになりました。

2.アノテーション情報を付与して一覧で表示
遺伝子・タンパク質の ID リストから関連する アノテーション情報を付与して一覧で表示できるようになりました。

3.構造検索での機能追加
構造検索においては、Target Prediction機能で計算するスコアに、 活性値と Similarity の加重平均による 「Predicted Affinity 」と Substructure Searchで「 Target Confirmation」機能を追加しました。


2015/01/05 LSKB v4.4    

1.ユーザーインターフェースの刷新
メイン画面をはじめとしたユーザーインターフェースを設計から見直し、検索機能やブラウズ機能をわかりやすいデザインをベースに再配置した。
メイン画面には、5つのカテゴリーのメニューを配置することで、どこから検索を始めれば良いか明確になり、キーワード/ID検索においては、何をクエリーとして何をターゲットとした検索を行うのかFrom/Toの形式で指定できるようになっている。

2.NCBI Biosystems(Pathway)データ追加
LSKBデータベースにNCBI Biosystemsのデータを追加。このデータを利用して、遺伝子から関連するパスウェイを検索したり、複数のクエリー遺伝子に対して関連の高いパスウェイを検索する機能が追加された。

3.化合物フレームワーク検索
クエリー化合物を構成する骨格構造(フレームワーク)を抽出し、それぞれのフレームワークを持つ化合物を検索する。LSKBの全ての化合物の構造とフレームワークとの関連がデータベースに保存されており、フレームワークからその骨格をもつ全ての化合物にアクセスできるようになっている。

4. 化合物ターゲット予測
キーワードやIDより検索した化合物、または化合物構造検索、フレームワーク検索より検索した化合物を元に、ターゲット予測を行う機能を新たに追加。クエリー化合物そのものだけでなく、構造検索による類似化合物まで対象を広げ、ChEMBLのアッセイデータを元にターゲットを取得する。


2014/04/01 LSKB v4.3    

1.タンパク質を酵素、GPCR、KINASEなどの大分類下に階層的に分類し、連結可能な化合物は活性情報を取得できるようにました。
●EC Classification(薬物代謝酵素含む):EBI IntEnz(Enzyme)を元に約6000タンパク質
●GPCR:GPCR SARfariを元に約900タンパク質とこれらのタンパク質に対するBioActivityは約1,000,000アッセイ
●KINASE :KINASE SARfariを元に約1,000タンパク質とこれらのタンパク質に対するBioActivityは約503,000アッセイ

2.化合物辞書に特許情報のアノテーションを追加、構造検索対象にしました。
LSKB搭載の6000万の化合物構造とそれらにひもづくアノテーションに特許情報を加え、特許対象の化合物への構造検索を可能にしました。

3.インハウス実験データ管理のデータタイプにGene Groupを追加しました。
パスウエイに含まれる遺伝子の管理や、qPCR用の遺伝子セットなど複数の遺伝子をグループ化して管理できるようになり、 遺伝子のバッチ検索や、化合物や疾患との関連性検索に登録データを直接利用できるようになりました。

4.インハウス実験データ管理で実験に紐づくサンプルIDを管理できるようにしました。
サンプルIDから遺伝子や疾患、化合物などに紐付けられた実験結果を検索可能になりました。

5.構造検索結果からさらに構造検索ができるようになりました。

6.Webを利用した化合物構造検でSDファイルのDrag & Dropに対応しました。

7.化合物の骨格であるMolecular Frameworkを化合物と連結した形でデータベースに追加し、 Molecular Frameworkからの構造検索を可能にしました。


2013/09/04 LSKB v4.2.1    

2013/05/31 LSKB v4.2.0    

2012/07/25 LSKB v4.1    

2012/05/28 LSKB v4.0