Home   > >   製品情報   > >   ソフトウェア&データベース   > >   BioDiscovery社 NEXUS ソフトウェア
ソフトウェア&データベース
LSKB
Chemotargets CLARITY
OFF-X
MetaGenome@KIN
Metatranscriptome@KIN
FluGAS
OMIXON HLA Typing
CLC Genomics Workbench/Server
NEXUS CNV
NEXUS TCGA Premier
ADPKD Target

NEXUS TCGA Premier


米国"The Cancer Genome Atlas"のlevel1 データをキュレートしたデータベース提供


米国のThe Cancer Genome Atlas (TCGA)は30種類を超える癌について12000サンプル以上のCGHアレイやExome sequenceのデータが登録された巨大なデータリソースです。
TCGAにおいて初期に行われた解析では、その膨大なデータからのpopulation-wideな大規模解析に対する有用性が明らかになる一方で、CNV解析時の過大な断片化や不正確な倍数性の仮定などによりサンプルごとの解析精度は限定的でした。
TCGA Premierは、Biodiscovery社の科学者の手により個々のサンプルに手作業によるキュレーションを行い、生データからの再解析を実施したことにより、高い信頼性を保持したデータソースとしてTCGAデータを再構築したものです。

TCGA Premier は、コピー数解析ソフトウェアNexus CNVからインターネットを介してアクセス可能で、登録された解析済みのデータを容易にダウンロード可能です。また、Nexus Copy Number上でデータを表示するため、複数の異なったゲノムイベント(CNV/LOH/Mutation)や異なった解析プラットフォームを横断して一つのゲノム上に展開可能です。

TCGA Premierは既にNexus CNVに最適化されたデータベースを構築しているため、ユーザーはNexus CNV上から自分のサンプルで認められたCNVイベントやLOHのTCGA登録サンプルにおける共通性を観察することや、元データをダウンロードしての再解析を実行できます。





TCGA Premierの特徴

生データ(level 1)からの再解析と科学者チームによるマニュアルキュレーションで信頼性の高いCNVコールを保障。

  • 全エクソーム解析データからゲノム変異情報を整備したことによりCNV情報と変異情報を統合し、より複雑なゲノム解析が可能に。
  • 使いやすいNexusインターフェースを用いて遺伝子・ゲノム領域・イベント領域情報からTCGAデータへの検索やダウンロードが可能となり、ユーザーのデータと統合することでより頑強な解析を実現。
TCGA PremierへのアクセスにはNexus CNVのライセンスが必要です。