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NEXUS COPY NUMBER


コピー数変異解析の決定版


NEXUS copy number

 Nexus Copy Numberはマイクロアレイを用いたCopy Number Variation (CNV)解析において、 コピー数変化の解析をシンプルな操作系にて実現し、同時に1000サンプル以上の高速自動解析を可能にするソフトウェアです。 コピー数変化の解析に必須となるアノテーション情報を柔軟に設定でき、 遺伝病・miRNA (例:miRBase)・CNV (例:The Centre for Applied Genomics Database of Genomic Variants) についての 公共データベースやユーザー独自のアノテーションを融合してご利用頂けます。 また、マイクロアレイで測定された遺伝子発現変動に関するデータを染色体上にて表示することができ、 コピー数変化領域と発現変動遺伝子の座位をゲノム上にて容易に統合して解析することができます。

>コピー数変化やLOHの解析をシンプルな操作で実行
>セグメンテーションアルゴリズムのパラメータ個別調整可能
>1000サンプル以上の高速自動解析可能
>Affymetrix®、Agilent®、Illumina®、Roche NimbleGen®、その他アレイに対応
>臨床パラメータでの群間比較が簡単
>ゲノム上にて遺伝子発現データの参照も可能
>さまざまな表示およびレポート機能付属
>Windows版またはMachintosh版を選択可能



迅速なデータ処理と信頼性に優れた差異の検出

 効率的なBioDiscovery algorithmsにより1プロジェクトあたり1000以上のアレイデータを迅速に処理することができます。

BioDiscovery algorithms

Rank Segmentation Algorithm:
 信頼性に優れたコピー数の変化を検出

SNPRank Segmentation Algorithm:
 SNPアレイのLog ratioデータと、B-対立遺伝子頻度を用いて更なる対立遺伝子イベント
 (e.g. Copy Neutral LOH)の解析が可能


Nexus Copy Numberが提供する主な機能

データ処理
1000アレイデータの効率的処理
複数の判別アルゴリズムへの対応
解析試料のQC算出

アレイデータタイプ及び実験デザインへの対応
アレイプラットフォームに非依存、以下を含むすべてのアレイプラットフォーム及びソフトウェアに対応
Affymetrix®, Agilent®, Illumina®, Roche NimbleGen®,GenePix®, ImaGene®
複数の動物種への対応
Affymetrix oncoscan / Axiom Arrayへの完全対応

高速シーケンサデータからのコピー数解析機能
Nexus CNVにはゲノムマッピングデータ(BAMファイル)からコピー数解析およびアレル頻度解析を行う機能が搭載されています。
高速シーケンサから出力されたリードデータをヒトやマウスのゲノムにマップして作成されたBAMファイルをご用意ください(10検体以上を推奨)。
Nexus CNVの提供するBAM pooled reference法により100bp単位でのdepthをNormalサンプルに由来するBAMファイルから計算し参照用データを作成、 その後疾患検体のBAMファイルと比較することでコピー数解析を行います。
さらにSNP部位を検出してBアレル頻度を計算し、LOHの検出などのアレル頻度解析を同時に実施します。

BAM pooled reference法はNGSデータのコピー数解析アルゴリズムとして広く知られるCoNIFERやxHMMよりも高い感度を実現しています。
さらに全ゲノム・エクソーム・Targetアンプリコンのいずれのシーケンスデータにも適用できます。
White paper: http://resources.biodiscovery.com/white-papers

データの探索と解析
臨床パラメータ等の表現型情報との統合
表現型や因子ごとに分割された試料グループ間でのコピー数変化の頻度表示
 ・遺伝子およびmiRNA発現データとの統合解析(発現情報と染色体コピー数変化の関連付け)
 ・染色体領域における遺伝子機能の特徴抽出(Gene ontology enrichment analysis)
Factor enrichment解析
遺伝子もしくはゲノム領域に対する全サンプルを通じての探索
群間で有意差のあるコピー数変化領域の同定
統計的に有意と予測されるゲノム領域と、その表現型の同定
生存分析(Kaplan Meierプロットと重み値)
ゲノム変化を基にした試料群のクラスター解析

外部データとの統合
臨床パラメータ等の表現型情報との統合
外部データベースへのリンク(NCBI, UCSC, Google, Ensemble, DECIPHERなど)
既存アノテーション情報の利用(遺伝子, エクソン, miRNA, CNV, 遺伝病)
ゲノム上にマッピングした状態で直感的に理解可能
ユーザー独自のアノテーション情報の設定可能
ユーザー独自のデータサーバーとの連携可能
LSKB(別売り)との連携により文献情報とのリンク可能

解析結果のレポート機能
全サンプルもしくは個々のサンプルデータごとの解析結果のレポートを作成可能
表はテキストファイル、画像はJPEGなどの形式で出力可能






ハードウェアスペック
  • System Requirements:
    64-bit Platforms Supported: Windows Win7/8/10 / OSX / Linux Minimum: 4 GB RAM Recommended: 8 GB RAM

ユーザー論文

Identification of consensus motifs associated with mitotic recombination and clinical characteristics in patients with paternal uniparental isodisomy of chromosome 11.

http://www.biodiscovery.com/corporate/publication