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高速シーケンサから
インフルエンザウイルスのHA, NA亜型を自動判定
8つの分節の塩基配列のアセンブルを自動化
A型・B型両方に対応
トリ・ブタ・ウマ・ヒトなどすべての動物由来インフルエンザに対応

FluGASは高速シーケンサによるインフルエンザウイルスゲノムシーケンスデータから簡単な操作でサブタイプ(亜型)の判定と分節ごとの塩基配列を決定するWindows用のソフトウェアです。 高速シーケンサから出力される膨大なA型およびB型インフルエンザの全ゲノム配列シーケンスデータを自動的にアセンブルし、亜型の同定まで行うことができます。

Fastqファイルから直接インフルエンザのサブタイプを自動判定(Miseq推奨)する世界初の
  ソフトウェア

分節ごとの塩基配列のアセンブルを自動化し、8分節すべてのコンセンサス配列を作成

必要な操作はFastqファイルのドラッグアンドドロップのみ、複数検体のバッチ処理に対応

A型・B型インフルエンザ両方に対応

A型インフルエンザの場合はHA, NAのサブタイプまで判定、B型インフルエンザは検体中での
  有無を表示

サブタイプ判定時に利用する参照データベースはNCBI Influenza virus resourceに登録された
  配列を使用

解析結果は検体ごとにGISAID登録用エクセルファイル形式とPDFファイルで出力、複数検体の
  結果もタブ区切りテキストファイル形式で出力可能なため結果の確認と管理が容易

解析結果はアプリケーションに保存され、解析を行った期間を指定してまとめて結果を出力
  させることが可能

データベース自動更新機能

A型インフルとB型インフルのちがい:
A 型は野鳥を自然宿主として人を含むさまざまな動物(鳥、豚、馬、犬、アザラシ等)に感染します。
B 型はヒトに感染しますが、他の動物に感染した例はほとんど報告されていません。ある研究では
アザラシがヒト由来のインフルエンザウイルスを保有できることを示唆しています。


シーケンスデータ登録

イルミナ社 MiSeqを利用したシーケンスデータを登録するだけで、すべての処理パイプラインが自動的に動きます。

当ソフトウェアで検証されているシーケンスデータはイルミナ社MiSeq からのFastqファイルとなります。

QCチェック

Read dataのQuality Control (Phread scoreとRead長に基づくトリミング)の実施。

マッピング

インフルエンザウイルス全分節のアッセンブルと亜型判定専用のマッピングを実施。

全ゲノム配列決定・サブタイプ判定

マッピング結果からコンセンサス配列を作成し、サブタイプを判定。 *B型インフルエンザを検出した場合は、亜型の判定は行われませんがB型検出の有無と 8分節のコンセンサス配列が出力されます。


レポート

判定結果は公共データベースGISAID登録用エクセルファイル形式とPDFで出力。 分節ごとのコンセンサス配列もFasta形式で出力されます。


ハードウェアスペック

  • 対応OS:Windows7以降
  • Memory:16GByte以上
  • Hard Disk 容量:200GByte~、1T以上 推奨
  • CPU:Intel Corei7以上 推奨

当ソフトウェア(FluGAS)は国立研究開発法人 農研機構 動物衛生研究所との共同研究の 成果を元に株式会社ワールドフュージョンが開発・販売しています。